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5 你好，请问你当时提出的那个问题解决了吗，我现在也是卡在这一步了，求指教

  • 2025-12-18 16:02
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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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转录组kegg富集,deg emsembl id不存在

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建立索引时出现报错，但依旧出现了一些文件，想问问报错原因怎么处理

  • xxx 2026-01-07 15:24
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老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

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Fst,pi, and ROD 分析

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新上的空间转录组课程可以用于分析华大基因测的数据吗

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在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5用来指定RepeatMaskerLib所在位置，那这里如果是要在自己的电脑上跑的话这里路径变量应该在哪呢

  • Nier 2025-12-25 12:20
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你好老师为什么这里无法启动镜像

  • Nier 2025-12-27 18:23
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基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

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deepTE.py报错

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选择清除Fst和Pi联合作图

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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docker 导入镜像

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泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

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泛基因家族分析绘制kaks>1频率分布的热图

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10 您好，请问SNPT软件失效了

  • cc 2025-12-31 16:09
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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样

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泛基因组

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老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些中间文件，查看了磁盘空间，请问应该删除哪一个并且如何删除呢

  • Nier 2025-10-11 10:37