MCScanX

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共线性分析时，导出的文件WRKY.collinear.pairs出现这样怎么回事，运行过程中没有报错

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docker运行mcscanX出现空指针

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docker共线性分析bash: sudo: command not found

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老师您好，我最近做基因家族分析，基因加倍与串联重复分析MCScanX出现了这样的报错。没有找到相似的错误原因。

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【MCScanX】 tandem文件中【串联重复】基因对，若其中一个基因A属于已鉴定基因家族，另一个基因B由于结构域不完全被剔除在外。请问在circos绘制串联重复图时，还要保留A基因吗？

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请问jcvi分析生成simple文件时--minspan=30指的是什么？

  • eika 2022-04-21 11:02:43
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请问现在应该去哪里下载MCScan呢？chibba.pgml.uga.edu上找不到mcscan了

  • eika 2022-03-13 22:35:49
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共线性分析报错

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老师，我利用linux运行mcscanx时一直提示以下错误，怎么解决啊？

  • Yu H. 2021-11-09 15:21:39
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老师，请问做共线性图只得到半圆，是什么原因？谢谢！

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老师，我想问一下为什么我的共线性分析的圈图一半有数据，一半没有呢 circos

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老师，这是我在做共线性分析最后一步出来的结果，但我看不懂，麻烦您解答一下

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mcscanx

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sudo perl detect_collinearity_within_gene_families.pl -i /home/manager/share/mcscan/MADS_box_family.txt -d /home/manager/share/mcscan/mcscan/AT.collinea这个命令运行后导出的文件是空的，而且我的图好像没有红色线

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基因家族共线性分析的时候，水稻基因组按照脚本来还是查找不到想到了的 ，提取不出想要的序列

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