泛基因组分析

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###########基因家族基因分类##############################

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泛基因组分析时候我的样本有12个，这个命令中-c 0 1 6 7 8 需要修改为12吗？，这个命令的含义没有讲清楚、

#### gene family 分类及绘图

Rscript $scriptsdir/core_pan_gene_classify.r -i Orthogroups_PAV.tsv \

-c 0 1 6 7 8 \

-f 'Private' 'Dispensable' 'Softcore' 'Core' \

--prefix family_class

默认排序时间排序

1 个回答

Ti Amo 2026-09-29 10:48

-c interval [interval ...], --interval interval [interval ...]

set cut interval,example (0,1],(1,6],(6,7],(7,8]

[default (0, 1, 6, 7, 8)]

比如你现在12个材料，只在1个里面出现的是私有的，2-8个里面出现的是可有可无的，9-10个里面出现的是软核心，11-12个里面出现是core，那你就写成 -c 0 1 8 10 12