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群体遗传分析过程中无法构建进化树
进化树
per
5天前
1
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下载不了镜像(omicsclass/pop-evol-gwas:latest)
docker镜像
per
2024-07-17 11:53
1
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207
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请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时,识别到四个协变量,删除第一行截距后,仍旧识别到四个协变量,这是为什么啊
PCA
林烨奇怪怪。
2024-06-30 21:50
0
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146
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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件
Treemix基因流分析
per
2024-06-30 16:16
1
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222
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Treemix分析中无法生成input.frq.strat文件
Treemix分析
per
2024-06-30 12:11
1
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错
系统进化树
tree
一袋上好佳
2024-06-28 11:42
1
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195
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错
系统进化树
一袋上好佳
2024-06-26 22:32
1
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242
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iqtree2 iqtree2 -s supergene.phy -st DNA -m TEST -B 1000 -bnni -alrt 1000 --prefix iqtree出现报错
系统进化树
tassel
iqtree
一袋上好佳
2024-06-26 15:06
1
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159
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PSMC分析没有查到mutation rate
PSMC
yangxiang666
2024-06-25 09:49
1
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190
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老师,用admixture做群体结构时,可以绘制单独一个k值的结构图吗?另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢?
STRUCTURE
admixture
山外小楼
2024-06-24 11:32
2
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244
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老师好,我在做群里遗传进化算pca时,得到的文件都是0。但是没有报错
PCA
马杰宇
2024-06-23 21:39
1
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194
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对于同一种系来源的生物体的基因组(比如都是人类的基因组),我要进行连锁不平衡分析,不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗?
连锁
赵一琦
2024-06-19 10:23
0
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5
stairway-plot里的mu(每代每位点的突变率)参数怎么确定?mu: assumed mutation rate per site per generation.
有效群体大小
李念
2024-06-18 22:58
0
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267
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5
stairway-plot里的L参数怎么确定?
群体有效大小
李念
2024-06-18 22:55
1
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245
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老师您好,我按照课程提供的流程泡自己的数据,在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的,但生成的supergene里面有好多命名重复,这是怎么回事?由于这个重复就导致我没法做进化树
tassel
phylip
per
2024-06-04 16:19
1
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320
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PSMC分析
PSMC
shidandan
2024-05-28 16:18
1
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306
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如何计算LD衰减到一半时的衰减距离?
LD decay
shidandan
2024-05-21 23:55
1
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336
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plink怎么设置样本的PPID,MID,Sex信息?
群体遗传
群体遗传学
群体遗传进化
plink
赵一琦
2024-04-20 09:47
1
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376
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LDdecay衰减距离如何确定?
衰减距离
LD decay
CaiMJ
2024-04-19 20:04
0
回答
377
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课程的IBD分析可以分析个体之间的IBD吗?计算得到的是IBD距离还是系数?想要通过IBD计算亲缘关系系数该如何操作?
IBD分析
IBD
群体遗传
赵一琦
2024-04-16 21:33
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