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不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本

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老师您好，我在export_data这一步使用这个代码报错，但这个文件是存在的是怎么回事呀？

  • JACK 2024-09-14 17:11
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10 Liftoff的Python脚本运行出错

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基因家族两个结构域

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5 泛基因家族docker报错

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老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什么都运行不对，第一个我是用了你们给的TransDecoder下载地址。第二张图用5.7版本的自己的数据是输出空文件

  • aa1 2025-01-08 19:57
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想请教一下，我是基于windows+docker做的宏基因组注释，然后在去宿主这一步，卡住了 不知道为啥 一直不动

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参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

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fasttree 建树时没有找到这个软件

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泛基因家族分析cds提取出现killed

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xpclr 软件不能运行

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基因家族一个基因的两个结构域序列重叠

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linux里不能通过 sudo docker pull omicsclass/samtools:latest，显示连接超时

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cnvpytor 不运行

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hmmsearch出现Segmentation fault (core dumped)

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老师，我有141个样品，现在IndexFeatureFile，tabix，bcftools都无法成功构建gvcf的索引，只有CSI格式能成功索引，这个格式在后续也用不了，这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛，还是说我只能重新生成vcf文件了

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我已经将env.sh中文件的路径改为我自己的路径了，但是为什么这代码在QIIME2环境中无法运行？麻烦老师解答一下

  • JACK 2024-09-18 09:46
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老师，在生成gbcf文件后，发现只运行了前三个染色体的，是我的代码有问题嘛？该怎么解决啊？参考基因组的fasta，fai文件都是好的，前期生成的bam文件也是好的，样品是四倍体，参考基因组是异源四倍体

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在filezilla里，将硬盘里的数据拖进自己建立的文件夹是总是传输不成功，是什么qingkuang

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20 请教一下TCGA的蛋白数据怎么理解，它是有正负值的，这个正负值代表什么意思，为什么蛋白表达会有负值？我只想给它分成高表达，低表达和表达缺失组应该怎么处理呀？