运行命令是for query in 01.Alp 02.Gua 03.Sha 04.Nub 05.Hai 06.Sha 07.Boe 08.Tib 09.Saa 11.Kor 12.ARS;do 

  #仅仅保留染色体部分比对

  seqkit grep -r -p '^chr\d+$'  $datadir/$query.fa > $query.fa

  ## 比对,生成ref_query.delta

  nucmer --maxmatch -g 1000 -c 90 -l 40 -t 5 -p $query ref.fa  $query.fa

  #nucmer  -g 1000 -c 90 -l 40 -t 10 -p $query ref.fa  $query.fa

  ## 1-to-1，比对结果过滤及表格生成 -Clr -x 1 -T 

  delta-filter -1 -r -q -i 90 -l 100 $query.delta > $query.1delta

  show-coords -Tclrd  $query.1delta > $query.1coords

  ##  多对多 比对

  delta-filter -m -r -q -i 90 -l 100 $query.delta > $query.mdelta

  #转换成人类可读的表格格式

  show-coords -Tclrd  $query.mdelta > $query.mcoords

  #比对结果可视化

  #Rscript $scriptsdir/mummerCoordsDotPlotly.R -i $query.mcoords -o  $query.m  -m 1000 -q 300000 -k 30 -s -t -l 

  #Rscript $scriptsdir/mummerCoordsDotPlotly.R -i $query.1coords -o  $query.1  -m 1000 -q 300000 -k 30 -s -t -l 

  Rscript $scriptsdir/mummerCoordsDotPlotly.R -i $query.mcoords -o  $query.m  -m 1000 -q 300000  -s -t -l 

  Rscript $scriptsdir/mummerCoordsDotPlotly.R -i $query.1coords -o  $query.1  -m 1000 -q 300000  -s -t -l

  #使用 1 对 1 比对结果call SNP和indel  

  delta2vcf < $query.1delta > $query.snp_indel.vcf

  #汇总结果,比对长度与数量

  awk 'NR>4{ block ++; sum1 += $5; sum2 += $6;  \

    }END{print "ref length:\t"sum1"\nqrylength:\t"sum2"\nblocks:\t"block}' \

    $query.1coords  > $query.1coords.summary

  awk 'NR>4{ block ++; sum1 += $5; sum2 += $6; \

    }END{print "ref length:\t"sum1"\nqry length:\t"sum2"\nblocks:\t"block}' \

    $query.mcoords  > $query.mcoords.summary

done

出现的是错误是

染色体名称我都核对过了，都是对应的