3天前 回答问题

这个要先确认基因家族的结构域特点，可以看相关文献中鉴定结果的筛选标准。

2025-11-16 08:47 回答问题

镜像和脚本是配套的，不用在容器里面更改R包。可以检查一下镜像和脚本，重新开一个容器运行尝试一

2025-10-31 16:48 回答问题

仔细观察进化树，其实WRKY49是进化支最外侧的分支。加上WRKY12，这种情况会默认范围会包含里侧全部分支。针对这种分支，可以设置WRKY12~WRKY86一组，WRKY49单独一组，其它颜色参数一致就行

2025-10-31 10:14 回答问题

用ggplot2包绘图

2025-10-30 10:52 回答问题

gff文件中缺少基因gene注释信息行，导致gtf文件不标准，出现报错KeyError: 'gene_id'，使得后续无法获取gene_length.txt文件。可以重新找一个存在gene注释信息的基因组。也可以人为添加上相关信息，参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2081

2025-10-29 15:12 回答问题

检查输入文件，两个表达量文件的样本是否一致

2025-10-29 11:24 回答问题

检查一下绘图文件里面是否有2个WRKY56，可以截图发一下

2025-10-29 10:09 回答问题

检查一下All.DEG_final.xls 是不是二进制文件，二进制文件不能在镜像里打开，可以直接将数据里面的内容复制过来生成新的文本文件

2025-10-28 16:38 回答问题

1.不需要格式一致，可以通过其它方式得到基因组的转录因子基因相关注释结果。只需要最终生成转录因子基因的表达量文件TF_fpkm.xls和转录因子基因类型文件meta.tt 就可以2.All.DEG_final.xls是在指定差异分组样本中具有显著差异的差异基因表达量文件

2025-10-27 10:05 回答问题

可以手动编辑新文件，将${svgene}_gene.list手动设置2列，再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done