2天前 回答问题

GRAS_gene_fpkm.xls  输入文件有问题。将首行首列“gene_id”改为“ID”。跟示例文件列名保持一致

3天前 回答问题

软连接成功了

3天前 回答问题

输入文件有问题，可以把运行命令截图发一下，检查一下文件

4天前 回答问题

你的数据文件里面是不是除了这2个PHY基因外，都是核心PHY基因。绘图脚本会“移除在所有品系里面都存在基因的行”。你如果想将这种情况的结果也绘制出来的话，就需要改脚本。将PAV_heatmap.r中第62行首添加“#”号注释掉该行。再去运行。

5天前 回答问题

按照引物设计流程直接设计就行。手动引物设计推荐网站：https://www.omicsclass.com/question/297

6天前 回答问题

确实结果不好，可以再check一下前面步骤和泛基因列表步骤，是不是有什么问题导致的没有同源基因

2025-07-04 09:11 回答问题

将id.txt文件中不需要再跑的品系ID删除再循环跑就可以了。跑之前将前面生成的空文件删除。不过最好先看一下报错原因，为什么生成的空文件

2025-07-04 09:07 回答问题

可以的，都是一样的内容

2025-06-27 09:45 回答问题

组装scaffold水平也能做，就是结果可能差点儿。 截图里面是字体样式报错，忽略就行

2025-06-26 17:41 回答问题

构建泛基因列表，只需要把自己01.data_prepare时生成的longest_isoform.gff3和gene.cds.fasta文件链接过来作为数据去生成bed和cds文件就行。因为构建泛基因列表w.sh文件中的“# 提取最长的转录本”“# 提取cds”“# 改cds的名字为基因名字”步骤已经在01.data_prepare时完成了 并且不需要示例数据pangenlist里面的文件