2025-09-29 13:42 回答问题

1. 检查输入文件；2 不需要的基因是指，一些基因在其他品系中不存在共线性的同源基因，例如私有基因，但是表达量文件中基因在这个品系中有表达量。这种表达量结果需要变为0

2025-09-29 13:26 回答问题

这个图用AI软件手动去画就行。具体变异类型可以根据基因ID去vcf里面查找，具体变异区域长度就是vcf中SVLEN参数

2025-09-28 16:17 回答问题

是根据with_SV和without_SV的平均值绘制的

2025-09-28 14:06 回答问题

这种情况可以都保留下来，继续分析

2025-09-28 13:43 回答问题

如果这3个基因是同一个品系的话是正常的。在泛基因列表文件中，这个品系中3个基因同时比对到一个泛基因ID上，这种情况可以只选择一个结果

2025-09-28 13:41 回答问题

正常，有的家族基因可能在部分品系中不存在

2025-09-28 09:48 回答问题

仍然可以选择做一下结构变异与基因结构分析。sv如果没有影响基因的表达，也有可能体现在基因结构上。可以对有sv的家族基因都做一下基因结构和motif 分析，如果其中家族基因因sv导致了结构变化，也可以为后续实验提供靶点

2025-09-28 09:11 回答问题

不对，文件有问题，检查一下输入文件

2025-09-24 21:14 回答问题

是正常的，泛基因集基因对筛选条件有两个，1是在syn.txt中有共线性关系；2是last.txt中相似度100的首次匹配。会对两个文件进行筛选并对结果取交集。最终得到可靠的结果output.txt。所以过程中会有结果被过滤掉

2025-09-24 15:26 回答问题

后续分析用到的数据只有文件前两列。后面几列是第2列基因的相关注释信息，在后面分析中不影响也用不到