6天前 回答问题

仔细观察进化树，其实WRKY49是进化支最外侧的分支。加上WRKY12，这种情况会默认范围会包含里侧全部分支。针对这种分支，可以设置WRKY12~WRKY86一组，WRKY49单独一组，其它颜色参数一致就行

6天前 回答问题

用ggplot2包绘图

2025-10-30 10:52 回答问题

gff文件中缺少基因gene注释信息行，导致gtf文件不标准，出现报错KeyError: 'gene_id'，使得后续无法获取gene_length.txt文件。可以重新找一个存在gene注释信息的基因组。也可以人为添加上相关信息，参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2081

2025-10-29 15:12 回答问题

检查输入文件，两个表达量文件的样本是否一致

2025-10-29 11:24 回答问题

检查一下绘图文件里面是否有2个WRKY56，可以截图发一下

2025-10-29 10:09 回答问题

检查一下All.DEG_final.xls 是不是二进制文件，二进制文件不能在镜像里打开，可以直接将数据里面的内容复制过来生成新的文本文件

2025-10-28 16:38 回答问题

1.不需要格式一致，可以通过其它方式得到基因组的转录因子基因相关注释结果。只需要最终生成转录因子基因的表达量文件TF_fpkm.xls和转录因子基因类型文件meta.tt 就可以2.All.DEG_final.xls是在指定差异分组样本中具有显著差异的差异基因表达量文件

2025-10-27 10:05 回答问题

可以手动编辑新文件，将${svgene}_gene.list手动设置2列，再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done

2025-10-27 09:48 回答问题

默认情况下 grep 匹配的是包含子串 "WRKY14" 的内容，所以会同时匹配上WRKY140~WRKY149。可以修改命令grep "\b${svgene}\b" Fam_gene.list|sed "s/${svgene}\t//g"> ${svgene}_gene.list（添加单词边界 \b 限制匹配范围）

2025-10-27 09:39 回答问题

检查一下原始泛基因组结构变异结果vcf文件all_merge.vcf，里面第5列ALT跟示例数据有区别。这列如果不能明确指出变异类型的话，可以根据截图中的变异位置去all_merge.vcf中找到具体变异类型