Rscript $scripts/BayesSpace_cluster.r \ -i /work/STOmics/02.seurat_data_qc/benihoppe_flower/benihoppe_flower.afterQC.qs \ --n_clusters 5 --platform ST --cpu 10 \ -p benihoppe_flower_BayesSpace -o benihoppe_flower_BayesSpace \ --high_variable_genes 2000
我用这条命令进行质控时,出现以下报错
Normalization method: Log-Nomalization
Finding Variable Features
Scaling Data
RunPCA :
PC_ 1
Positive: FxaBH-6B-004110, FxaBH-3B-002328, FxaBH-3A-003088, FxaBH-3A-001777, FxaBH-3C-001508, FxaBH-4B-001196, FxaBH-3D-001391, FxaBH-3D-000829, FxaBH-4C-001247, FxaBH-4D-001094
FxaBH-4C-001246, FxaBH-4A-001333, FxaBH-4C-001604, FxaBH-4A-001332, FxaBH-7D-002117, FxaBH-6C-004094, FxaBH-6A-004887, FxaBH-3B-003027, FxaBH-4D-001093, FxaBH-4C-002544
FxaBH-4B-001195, FxaBH-2C-002964, FxaBH-3A-000647, FxaBH-6B-002906, FxaBH-2A-001583, FxaBH-5C-000302, FxaBH-2A-000418, FxaBH-3C-000941, FxaBH-2B-001351, FxaBH-6A-004888
Negative: FxaBH-5D-001418, FxaBH-2D-000167, FxaBH-7B-001464, FxaBH-6A-003713, FxaBH-6C-003080, FxaBH-7C-001321, FxaBH-7D-001415, FxaBH-5A-003773, FxaBH-2A-003457, FxaBH-2B-001115
FxaBH-5A-003665, FxaBH-7A-001611, FxaBH-7A-001258, FxaBH-1D-000366, FxaBH-7B-001138, FxaBH-2B-002995, FxaBH-4A-000308, FxaBH-7C-001958, FxaBH-2C-002216, FxaBH-7D-001131
FxaBH-2B-003654, FxaBH-6D-000447, FxaBH-4A-002585, FxaBH-3B-003666, FxaBH-5A-002748, FxaBH-2A-001309, FxaBH-3B-001263, FxaBH-1C-000382, FxaBH-1A-001596, FxaBH-2D-002408
PC_ 2
Positive: FxaBH-5A-002827, FxaBH-5A-001842, FxaBH-3C-003351, FxaBH-4B-003179, FxaBH-1D-000511, FxaBH-5C-002389, FxaBH-5C-001566, FxaBH-2A-000092, FxaBH-3B-003300, FxaBH-1A-000707
FxaBH-4A-003612, FxaBH-5B-001582, FxaBH-2B-003727, FxaBH-4C-003147, FxaBH-2A-000868, FxaBH-5C-000163, FxaBH-2D-000661, FxaBH-5B-002451, FxaBH-2B-000685, FxaBH-4C-000133
FxaBH-5C-003169, FxaBH-3B-002328, FxaBH-7C-002319, FxaBH-2C-002711, FxaBH-3D-000829, FxaBH-5D-000155, FxaBH-3A-001777, FxaBH-4D-001094, FxaBH-3A-003088, FxaBH-4B-001196
Negative: FxaBH-6D-004287, FxaBH-3C-000417, FxaBH-3D-002132, FxaBH-3B-002366, FxaBH-5A-001976, FxaBH-3A-000187, FxaBH-3A-002911, FxaBH-2C-001456, FxaBH-3A-000458, FxaBH-3B-002363
FxaBH-3B-001442, FxaBH-6B-004431, FxaBH-3D-002130, FxaBH-5D-001539, FxaBH-3B-001436, FxaBH-6A-005047, FxaBH-3A-001710, FxaBH-2B-002951, FxaBH-3A-002897, FxaBH-3A-002613
FxaBH-2A-000912, FxaBH-2C-001534, FxaBH-3B-001432, FxaBH-3C-000176, FxaBH-3B-001441, FxaBH-6A-005186, FxaBH-3D-000385, FxaBH-2B-001054, FxaBH-6C-004368, FxaBH-3A-001702
PC_ 3
Positive: FxaBH-3A-001777, FxaBH-3B-002328, FxaBH-3C-001508, FxaBH-3D-001391, FxaBH-6C-002604, FxaBH-6B-002693, FxaBH-4B-001196, FxaBH-4C-001246, FxaBH-4C-001247, FxaBH-3A-003088
FxaBH-4D-001094, FxaBH-6D-002557, FxaBH-3D-000829, FxaBH-4A-001332, FxaBH-4A-001333, FxaBH-4D-001093, FxaBH-6A-003144, FxaBH-4A-001371, FxaBH-4B-001195, FxaBH-3A-000647
FxaBH-4D-001132, FxaBH-5C-000302, FxaBH-5A-000350, FxaBH-2A-002292, FxaBH-3B-003027, FxaBH-3C-000941, FxaBH-4C-001274, FxaBH-3B-000560, FxaBH-5B-000289, FxaBH-3B-003795
Negative: FxaBH-6A-004887, FxaBH-6A-004888, FxaBH-6C-004094, FxaBH-6D-004144, FxaBH-6C-004095, FxaBH-6A-000570, FxaBH-2B-003158, FxaBH-6C-000364, FxaBH-4A-000167, FxaBH-6A-000460
FxaBH-1A-002296, FxaBH-1C-001850, FxaBH-6B-000473, FxaBH-6A-000484, FxaBH-6C-001301, FxaBH-3A-001252, FxaBH-6B-000402, FxaBH-2B-003771, FxaBH-2A-004239, FxaBH-6C-000384
FxaBH-2D-003512, FxaBH-2C-002734, FxaBH-3B-001052, FxaBH-6A-003553, FxaBH-6B-003083, FxaBH-6D-004142, FxaBH-4C-001581, FxaBH-1D-002053, FxaBH-6D-004143, FxaBH-4C-002544
PC_ 4
Positive: FxaBH-4D-001094, FxaBH-4C-001247, FxaBH-4C-001246, FxaBH-4B-001196, FxaBH-3D-000829, FxaBH-3B-002328, FxaBH-3D-001391, FxaBH-4A-001332, FxaBH-3A-001777, FxaBH-4D-001093
FxaBH-4A-001333, FxaBH-3A-000647, FxaBH-3C-001508, FxaBH-4B-001195, FxaBH-5C-000302, FxaBH-3B-003027, FxaBH-5B-000289, FxaBH-5A-000350, FxaBH-3B-000560, FxaBH-6C-001313
FxaBH-3C-000941, FxaBH-6A-000243, FxaBH-6A-004887, FxaBH-6A-001623, FxaBH-6C-004094, FxaBH-4C-001274, FxaBH-4A-001371, FxaBH-2B-003158, FxaBH-3C-000585, FxaBH-7D-002117
Negative: FxaBH-6B-002693, FxaBH-6D-002557, FxaBH-6C-002604, FxaBH-6A-003144, FxaBH-6B-002906, FxaBH-4A-003102, FxaBH-3C-003804, FxaBH-3A-004554, FxaBH-3B-003808, FxaBH-4A-001722
FxaBH-4B-001954, FxaBH-4B-000697, FxaBH-4A-002242, FxaBH-6D-004244, FxaBH-6C-004186, FxaBH-6C-002818, FxaBH-4A-000747, FxaBH-4D-001878, FxaBH-4B-002739, FxaBH-3B-003795
FxaBH-3C-000526, FxaBH-4A-001035, FxaBH-4D-000586, FxaBH-6D-004178, FxaBH-6A-004758, FxaBH-3C-002566, FxaBH-2A-001362, FxaBH-6A-000656, FxaBH-6A-000512, FxaBH-6D-004177
PC_ 5
Positive: FxaBH-2A-003457, FxaBH-2B-001539, FxaBH-2D-002172, FxaBH-1B-000450, FxaBH-1A-000552, FxaBH-2A-001780, FxaBH-6D-000365, FxaBH-1C-000382, FxaBH-7A-001392, FxaBH-3C-000982
FxaBH-3B-001134, FxaBH-6B-002282, FxaBH-1D-000366, FxaBH-3A-001124, FxaBH-5A-001735, FxaBH-3B-002330, FxaBH-5D-001463, FxaBH-7C-001139, FxaBH-6B-001467, FxaBH-2A-003458
FxaBH-3A-001929, FxaBH-3C-001655, FxaBH-7A-001258, FxaBH-7D-001131, FxaBH-2C-003143, FxaBH-2B-002995, FxaBH-3C-001510, FxaBH-7C-001958, FxaBH-6C-000563, FxaBH-3A-004525
Negative: FxaBH-5A-002827, FxaBH-5A-001842, FxaBH-2B-001351, FxaBH-4B-003179, FxaBH-2A-001583, FxaBH-5C-001566, FxaBH-2C-002964, FxaBH-5C-002389, FxaBH-2D-001258, FxaBH-1D-000511
FxaBH-5B-001582, FxaBH-3A-003322, FxaBH-3C-003351, FxaBH-2C-002789, FxaBH-5A-000651, FxaBH-4C-003147, FxaBH-3D-001024, FxaBH-3B-003300, FxaBH-2B-003727, FxaBH-2D-002486
FxaBH-1A-000707, FxaBH-5B-002451, FxaBH-2C-002788, FxaBH-2A-001412, FxaBH-2A-000092, FxaBH-5A-001841, FxaBH-5D-000549, FxaBH-2A-001411, FxaBH-3C-002798, FxaBH-5A-003850
Error in names(x) <- value :
'names' attribute [3] must be the same length as the vector [2]
Calls: colnames<- -> colnames<-
Execution halted