生信老顽童
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2020-03-20 16:26 发表了文章

2020-03-07 15:25 发表了文章

2020-02-28 15:37 回答问题

明细点开,然后截图发过来看看。

2020-02-19 16:44 发表了文章

2020-02-02 16:04 回答问题

这是主要是由于你做转录组的材料和已测基因组的材料亲缘关系较远,有较大差别造成的。既然这个物种有多个参考基因组,可以让公司都给试试,看看哪个比对效率高用哪个。 另外,比对效率一般来说能有70以上就可以了,60也可以使用。太低的话就不行了。

2019-11-25 17:50 回答问题

 blast 结果不能直接截取domain

2019-10-21 15:47 发表了文章

2019-07-12 17:24 回答问题

这个有多方面的原因,  1. 基因组测序,由于有大片段文库,能知道序列间的相互位置,预测的基因结构会准确好多 2. 无参转录组denovo 组装的话,就不行,一个基因,两个不同的转录本,如果差别比较大的话,组装软件就没办法认为是一个基因,而认为是两个 3.  同时,无参转录组denovo 组装的话,如果遇到重复序列,是无法组装完成,一个基因也就变成多个了  4.  当然还有一些,测序错误,杂合度较高等一系列的问题,可能导致组装的基因比较多 

2019-06-21 14:01 回答问题

这种情况的话,建议使用多个近缘物种一起进行鉴定分析。

2019-06-14 08:44 回答问题

由于原核生物的mRNA没有polyA,所以无法通过polyA的方式建库。 所以只能通过总RNA建库的方式,但是总RNA中核糖体RNA的比例很高,所以得先去除核糖体RNA,再进行建库。 另外,由于原核生物的基因组较小,基因比较密集,如果采用普通建库方式,则再定量时准确度会很低,所以需要采用链特异性文库进行测序。 总的来说,原核转录组建库需要先去除核糖体RNA,然后再采用链特异性转录组的方式建库。这样的优势是数据准确度高,但是价格会比较贵。