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mcsanx作图问题

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iqtree2不报错，自动停止运行。

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SRA下载

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重测序文件中的data data 文件打不开

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老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

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泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

  • Q_C 2024-12-02 18:46
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数据质量查看出现问题

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大家好啊，新手一枚，请多关照哈

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安装本地docker出现错误

  • 李 2024-10-29 12:58
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这种0大小的文件怎么找是哪里出了问题

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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16s分析，数据导入过程中出现了问题，请问怎样解决？

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打开docker，出现下面这种情况。但是已经安装了WSL

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MCScanX没有结果怎么用circos作图

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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容

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3 关于泛基因组的pangene.list

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你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析

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请问老师这个LDA图中的other为什莫会出现呢，如何去除，直接在图里截掉，这样可不可以呢

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想咨询一下，宏基因组功能注释的视频中，有一步是用cds.fa文件注释物种，想咨询一下，这个物种注释出来后，应该如何计算丰度？是根据前面cds.count来计算吗，这样计算出的物种丰度可靠吗？因为有些物种可能基因很多。