4天前 回答问题

下次提问的时候可以贴一下你执行的指令， perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel maize.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel t -fam WRKY 你要注意，这个 t 文件应该是空的，这样你重新生成的PAV_draw.list里面才不会有物种独有的基因，还有一种原因，是你原来的泛基因列表文件中就有这样的情况，即一个泛基因编号下只有一个同源基因，可以排查一下

5天前 回答问题

你第一条指令的permission denied ，你自己安装的软件，你的perl脚本有执行权限吗？你可以chmod +x 脚本.pl ，先给脚本执行的权限之后，跑一下看看 后面第二个报错是因为你指令给的不正确，--seqtype prot  才对，你看你自己的截图：

2025-01-06 16:49 回答问题

可以把指令都写在一个shell脚本里，然后通过并行处理工具ParaFly执行任务： ParaFly -c w.sh -CPU 5 #一次运行5条指令

2024-12-26 09:43 回答问题

另外你在截图的时候图片尽量截全一点，报错信息全面一点方便分析问题

2024-12-18 14:38 发表了文章

2024-12-12 16:09 回答问题

“PAV文件中不同的fam号对应了同一个基因后”，这是什么意思，我没太理解，请提供更详细的说明

2024-12-12 16:05 回答问题

课程里面的SV结果是分样本做SV calling后，使用merge合并的结果，你的这个格式确实与课程里的不一样，需要写代码手动提取一下有用的信息

2024-12-12 13:57 回答问题

sed -i 's/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt ，s前面没有l

2024-12-09 10:16 发表了文章

2024-12-06 08:08 回答问题

同学，你的gene.list和pangene.list的第二列编号格式没有对上，你修改一下。