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9小时前 回答问题

同学，我没有分析你的数据哈，具体情况我不是很清楚，你是自己跑的结构变异注释吗？如果你只用了一个参考基因组构建的注释信息库，你需要通过最后一步把对应家族编号的基因（在参考基因组中）提取出来。如果你是直接从作者那里获取到的结构变异注释结果，可能你需要问问作者相关的信息

2天前 回答问题

同学，VCF 文件属于我们课程之外的内容，如果需要做相关内容分析的话需要联系客服付费购买的：联系客服

4天前 回答问题

foxtail_millet.GRASgene.list，如果只能提供部分SV的结果，用你鉴定到的家族成员的基因

2025-04-17 17:16 回答问题

把你的shell脚本截图看一下

2025-04-17 15:15 回答问题

你为什么要替换你的库文件的内容呢，你直接用库文件做注释就行了，脚本里这里也没有让你修改ID：

2025-04-15 10:54 回答问题

出现上面的warning可能是序列的相似度太高，如果能排除是测序和注释的错误的话，就继续做就可以了，至于构树的时候你用多少基因去构树，树上就会有多少个基因，树上面展示哪些基因取决于你想说明的生物学问题

2025-04-15 09:55 回答问题

你有多少个样本啊，我在课程里面说了要把这个地方改成你对应的样本数+1，你是不是没改，你改一下： awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=你的样本数+1;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list

2025-04-14 09:51 回答问题

你看一下你的表型数据里面有没有奇怪的数据，第二例表达量应该都是数值型数据，检查一下有没有混进去奇怪的字符

2025-04-08 17:48 回答问题

你家族基因列表里面的后缀呢？你按照流程跑的吗？是的话应该是有的呀