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老师，在初步查看cluster分群信息时，能否使用--cols代码，实现对某个cluster的颜色进行改变，具体代码是什么

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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泛基因家族-热图

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:42
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EMMAX进行GWAS分析时候出现问题

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在KEGG通路中（植物激素信号转导），我只关注这个通路下的几个基因（赤霉素有关），那么他的gene.ratio和p_value也要变化吗，以及如何计算

  • 2025-11-25 09:06
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可能是路径出了问题，无法找到脚本，请问老师

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泛基因家族分析

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docker 安装

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泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析-SV和表达量

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:39
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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族结构变异

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在基因组注释部分有一条命令RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5用来指定RepeatMaskerLib所在位置，那这里如果是要在自己的电脑上跑的话这里路径变量应该在哪呢

  • Nier 2025-12-25 12:20
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泛基因家族分析，核心基因等数量统计