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让公司给构建好的图形泛基因组，只有vcf格式文件，要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢？转化后用什么软件去call snp 呢？

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:42
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老师，在初步查看cluster分群信息时，能否使用--cols代码，实现对某个cluster的颜色进行改变，具体代码是什么

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在RStudio上用setwd()命令未能修改数据资料路径

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泛基因家族-结构分析

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xpclr

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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15 数据准备 检查变量对应有问题

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基因家族分析

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Xpclr

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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泛基因家族-热图

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析-SV和表达量

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PGGB泛基因组报错

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10 对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的，应该怎么办。所有品系都出现了这个问题。

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运行自己的数据绘制Upset图，这个报错是什么原因呢？

  • halo 2025-08-27 18:27
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老师docker压缩包能不能发一下，给我的文件里面没有