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宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表，混合组装呢

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重测序

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在运行table_annovar.pl脚本的时候报错

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重测序

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5 单细胞测序进行拟时分析绘制细胞骨架图

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比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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代谢组富集分析时文档07.all_keggid.txt里是某个模式物种的全部代谢物还是公司检测出的所有代谢物？还有富集分析一般p值就可以吗

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binning 想做功能注释，但还是不知道该用哪些文件进行基因预测和功能注释？

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重测序

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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5 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

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dadi

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请问个人怎么才能下载到TCGA的组学，临床和WSI影像数据？

  • Sasa 2025-07-01 10:16
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重测序

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binning物种注释的时候，gtdbtk软件和数据包已经更新，旧版的匹配不上，请问应该怎么更新一下软件，谢谢

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老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/7725。你们提到：你这个数据里面是不是P值有0的情况，取了对数就无穷大了，导致出问题。但是，我发现里面没有P值为0的情况，那是不是脚本gwas_manhattan_plot.r有问题呢？需要修改gwas_manhattan_plot.r脚本的什么地方才可以解决顶部只能画半圆的问题呢？还有，我发现P-Value的原始文件有NaN的情况，是什么原因呢？是否对GWAS有影响呢？

  • John 2025-03-18 15:15
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GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有176份），我选择的minGQ值为20（同时要移除InDel），结果得出过滤出来的SNPs数量不足1000，但是我查过一些资料，GQ值如果群体数量较少值不得小于20。请问遇到这种情况如何处理，可否将最小GQ按照课程的脚本设置为0呢。 第二，你们的GWAS课程提供的计算BLUP的脚本是否在不同物种之间通用 第三，做GWAS时，基因型填充对后续的分析有什么意义。 第四，你们GWAS课程有没有计算遗传力相关的脚本。

  • John 2025-03-12 15:37
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单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

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重测序