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泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

  • Q_C 2024-12-02 18:46
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Fam_genelist中基因个数超出了所有的鉴定的数据

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搜集的gff3文件；第一列不同，有的是chr，有的是id；这个影响吗？

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单倍型分析

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PASA_update时出错

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老师，麻烦您解答一下

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不知道为什么，产生不了unmap文件

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03.PAV 提取物种独有的家族基因时，出现killed ，不能进行代码操作

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infercnv error in readrds(reload_info$expected_file_names[[i]]) : error reading from connection calls: <anonymous> -> readrds execution halted

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请问，我弄了一个256线程，1t内存的服务器，想处理500G的宏基因组注释，大概需要跑多少天，全套下来

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gwas分析报错

  • Jay 2024-11-07 15:40
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SRA下载

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老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

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泛基因家族分析分析 pav中统计样本数量

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已经windows系统里下载了docker 也打开了，但还是运行不了. doc.sh

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重测序文件中的data data 文件打不开

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安装本地docker出现错误

  • 李 2024-10-29 12:58
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GATK 很慢，怎样分染色体CALL 变异

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老师，我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入，但是在将gvcf转换成vcf时，发现在Lc2Ns染色体就结束完成了，这是正常现象嘛，是我使用的近源种参考基因组的原因嘛？我的是简化基因组测序的

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老师，我在做饭基因家族分析，我搜集的基因组的gff3文件，第一列有的是chr有的是基因id，这个会影响后续结果嘛？