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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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关于annover建库问题

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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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ANNOVAR注释问题

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重测序数据可以用来做基因家族的共线性分析

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如何确定选择分析中的窗口和步长？

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5 请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

  • 2024-04-14 13:38
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GWAS分析中，发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变。

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GATK 报错

  • Elf 2024-04-03 13:17
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遗传多样性不出图

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LD衰减分析

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如何从重测序的原始数据中提取某个基因序列？

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在学习基因组重测序过程中，执行变异结果统计与绘图展示的命令报错

  • 2024-03-26 11:13
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vcftools过滤除了等位基因选项外，其他参数通通没用

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我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

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使用tassel软件对vcf文件排序时出现ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - java.lang.IllegalArgumentException: AlleleDepthUtil: depthIntToByte: Can not have negative depth values: -8448

  • mike 2024-03-18 18:42
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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

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重测序cnv变异需要至少多少乘数据？

  • Iron 2024-03-13 21:47
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gvcf转换成vcf