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用GATK call SNP时报错

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VCFtools计算fst, pi, ROD, tajimaD, xpclr计算xpclr，得到这些结果作图的时候，曼哈顿图有阈值线，怎么给平滑曲线加上阈值线？另外，平滑曲线的值是经过怎么转换？

  • 2024-07-14 12:04
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求助，怎么把vcf文件中的非变异位点去掉呀？

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50 单倍型报错

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单倍型分析报错

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在重测序中对某一个基因在不同群体中的突变频率图怎么作，有脚本可提供不？

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使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序，这个怎么解决？

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10 在singuarity使用gatk时调用不了HaplotypeCalle指令

  • 233 2024-07-03 14:57
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得到INDEL,在做注释的时候报错。

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

  • per 2024-06-21 16:37
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小麦GATK索引问题：对多个g.vcf.gz文件合并，遇到的问题？

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VCF注释

  • Jay 2024-05-16 11:41
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bam文件排序时出错

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重测序批量循环样本比对bwa

  • Song 2024-05-09 11:30
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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:18.0' as the value of the DISPLAY variable.

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请问重测序可以得到某物种的全基因组序列吗，能不能从重测序数据中找到某个基因的完整序列？

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变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果时报错i

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老师好，我在CALLSNP变异过滤时报错有几万行相同的错误。

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关于annover建库问题

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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>