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在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心,核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改
GATK
bwa
杨辉
2020-12-07 10:10
1
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87
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重测序想要我的物种的某些基因序列,可以拿到吗?
基因序列
红橙子
2020-12-05 21:01
1
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同一物种不同基因组(已经组装好)之间可以call snp么
snp-index
ed算法
BSA;QTL-seq
EMS
没有好名字略略略
2020-11-12 01:20
1
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137
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重测序课程中批量设计引物,脚本问题
primer
有我在
2020-10-16 22:17
1
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我买了基因组重测序方面的课程,其中课上的老师是在win10 状态下把目录建在D盘上,但是在Linux系统上我也把目录建立在D盘上显示错误,这个怎么样解决呢,方便解答下?
南馆潇湘
2020-09-14 21:12
1
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测序公司发来的是组装好的测序结果,其中里面有全基因组的序列(fa格式),这用组数据可否进行“基因组重测序分析”课程中讲的snp,indel,sv等分析呢?
刘思文
2020-09-11 11:58
2
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156
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麻烦老师问一下,在做重测序的时候这个地方老是出错是怎么回事,路径都仔细检查过了,谢谢老师。no such file
小代代
2020-08-26 08:19
1
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376
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QTL-seq分析问题
BSA
QTL-seq
乘121的猪
2020-08-04 20:18
1
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220
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麻烦老师问一下,在做fastaC时,出现这种是怎么回事?
2020-07-31 09:50
1
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老师你们好,想问一下如何在自己服务器上下载docker
docker
linux
BSA
有我在
2020-07-20 10:34
1
回答
347
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5
怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记,有没有这方面的脚本可供学习,或者课程
BSA
杨辉
2020-07-17 10:31
0
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黄老师,怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记,有没有这方面的脚本可供学习
BSA
KASP
SNP
杨辉
2020-07-13 22:23
1
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如何将基因组序列里的简并碱基变成N或者保留其中一种?
INDEL
杨辉
2020-07-10 20:49
1
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763
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黄老师,我已获得BSA流程过滤后的snp的vcf文件,然后怎么利用这个文件绘制全部染色体的SNP-index的曼哈顿图
BSA
杨辉
2020-05-30 20:01
1
回答
469
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我在用snpeff进行snp注释的时候,发现出现如下错误java.lang.RuntimeException: Error reading file '/home
snpEFF
杨辉
2020-05-25 17:39
1
回答
1183
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15
GATK中call SNP出来的SNP里面的ALT列出现 * 星号啥意思?
GATK
VCF
2020-02-25 11:05
1
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1676
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15
GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile
GATK
2020-02-24 16:52
1
回答
501
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你好,腾讯云服务器里面的学生购买的的那个,可以用来进行重测序数据的比对以及SNPcalling等的数据分析吗
SNP
杨辉
2020-02-03 20:12
1
回答
910
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SNPcalling的方式有samtools结合bcftools,或者bcftools,或者gatk,三者之间有什么区别,那种方式更好一些
SNP
GATK
samtools
杨辉
2020-01-09 23:03
2
回答
817
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我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时,运行命令后,并没有生成去除重复reads后的bam文件,请问是什么原因?
GATK
杨辉
2019-12-14 13:46
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