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老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
gvcf
bam
啊呀。
2024-10-25 18:12
1
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128
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老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
VCF
gvcf
db
啊呀。
2024-10-24 23:55
1
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141
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老师,问题比较复杂,麻烦您看一下详细的问题描述,小麦基因组
gvcf
db
啊呀。
2024-10-22 12:08
1
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166
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老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
gvcf
啊呀。
2024-10-21 16:30
2
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181
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老师,您好,我在运行gatk的HaplotypeCaller时,因为样本过多(二三百个样本),运行成功的单个样本运行了24+个小时,尝试了采用ParaFly工具多任务并行,并且也尝试了同时运行多个nohup sh gatk.g.sh > gatk.g.sh.o&(一个gatk.g.sh对应一个样本),但是都是在十几分钟后终止进程了,查看了其中一个gatk.g.sh.o文件,文件内容如下,烦请老师帮忙提出问题及解决方法,非常感谢
GATK call SNP
Evening
2024-10-21 15:59
1
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154
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按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
索引
gvcf
GATK
index
啊呀。
2024-10-19 14:48
1
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117
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老师 就是我也买啦那个群体遗传的那个课程 我看啦一下 就是您课程上讲解的是下载参考基因组是拟南芥 我是做越峰杜鹃的 然后我重测序的也是 我的参考基因组是不是我自己组装出来越峰杜鹃的那个基因组啊 还是其他的呀 这里我没懂
烟雨易冷
2024-10-18 14:40
0
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154
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请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.
注释
守得云开雾现。
2024-10-16 23:32
2
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261
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成功得到了gvcf文件后,合并gvcf文件时,在导入db步骤中,由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围,因此我使用CSI建立索引后,发现导入db的代码依旧无法运行,需要idx格式的索引,怎么办
gvcf
db
idx
啊呀。
2024-10-16 17:34
1
回答
187
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老师,我按照多样本的代码生成gvcf文件后,发现并没有视频里讲解所说的tbi格式的索引文件,这是怎么回事呢,我需要怎么做啊
gvcf
啊呀。
2024-10-15 18:43
0
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226
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10
gvcf文件转vcf文件,创建索引时一直失败,请问
小天才熊宝
2024-10-08 17:17
1
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275
浏览
10
请问老师我跟着重测序课程做到了VCF过滤这步,是不是三种方法任意使用一种方法过滤就好.
重测序分析
守得云开雾现。
2024-10-06 18:57
1
回答
311
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在对bam文件进行排序时,因为参考基因组太长,出现这两个报错,会影响后续分析嘛
bam文件排序
啊呀。
2024-09-26 10:51
1
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312
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老师您好,我在参考基因组建立索引时,系统报错说有1700个基因区域没有ORF,但是我的参考基因组和注释文件都是从文献链接里下载的,不知是否会影响我的后续关于群体进化的分析呢?
参考基因组
建立索引
ANNOVAR
啊呀。
2024-09-20 16:25
1
回答
254
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重测序分析docker
听听那冷雨
2024-09-02 23:21
1
回答
332
浏览
变异结果统计与绘图时,最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题,查看文件发现并没有缺失的部分,怎么解决
starry.
2024-08-31 22:54
0
回答
292
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群体结构分析时,执行代码报错
群体结构分析
2024-08-29 21:35
1
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361
浏览
老师好,请问一下为什么annovar注释完下图所示第1列与最后两列的突变信息不一致啊,网上很多教程我看也有这个问题似乎,所以比如第一行核苷酸到底是什么突变成什么了呢?谢谢!
ANNOVAR
渃芷轩
2024-08-29 20:07
0
回答
1176
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5
大佬们,构图软件lepmap、joinmap分群的时候怎么让分群数与染色体数一致?调LOD值也很难保持一致,求大佬们解答!!!
jinhong
2024-08-22 18:19
1
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491
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单倍型结果的解读
单倍型分析
shidandan
2024-08-19 21:56
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