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SV与家族基因的保守结构域分析

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泛基因家族分析之基因家族成员选择压力分析

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用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件

1 解决

T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10 tmp1.fa tmp1.fa > tmp1.self.paf 命令产生的tmp1.self.pa文件中有各别行输出结果有问题（17[M::worker_pipeline::1636.730*6.86] mapped 12 sequences），后续awk命令报错。如下图

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GATK 将VCF文件导入db出现问题

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提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

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10 空间转录组分析非模式物种参考基因组构建

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juice box调整hic挂载数据

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泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令行是不是要进行修改如下图所示

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allhic进行染色体挂载，分组过程k=20，只分了一个组出了

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泛基因家族分析，系统发育树构建

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16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

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PSMC分析

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老师您好，我在运行OrthoFinder2时，出现下面报错，请老师解答

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5 课程咨询

  • 2026-01-17 16:14
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老师您好，进行比较基因组分析时候，单拷贝直系同源群为0，后续的分析就出现了报错，这是什么原因，是我选择的基因组不合适还是其他原因。

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分别用FarmCPU和BLINK做GWAS，从Q-Q图看BLINK模型更优，但是FarmCPU曼哈顿图有峰

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泛基因家族-热图

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dadi分析

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轨迹分析出现killed报错