我用命令for sample in 12.ARS;do

   genome=$datadir/$sample.fa

   gff=$datadir/$sample.gff

   #保留蛋白编码基因

   agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $sample.protein_coding.gff3

   #保留最长转录本

   agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff $sample.protein_coding.gff3 -o $sample.longest_isoform.gff3

   #Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉

   sed -i 's/gene://' $sample.longest_isoform.gff3

   sed -i 's/transcript://'  $sample.longest_isoform.gff3

   #提取cds序列

   /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $sample.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$sample.cds.fa

   #提取pep序列

   /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $sample.longest_isoform.gff3  --fasta  $genome --seqType prot >$sample.pep.fa

   #提取cds 转换成OrthoFinder 需要的序列格式 基因ID作为序列ID

   perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 150 --gff $sample.longest_isoform.gff3 --fa $sample.cds.fa -p $sample -o cds

   #提取pep 转换成OrthoFinder 需要的序列格式 基因ID作为序列ID

   perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 50 --gff $sample.longest_isoform.gff3 --fa $sample.pep.fa -p $sample -o pep

 done

进行分析的时候，这个样本一直不出现结果，下面是我的gff 和报错

下面是我gff 文件