需要检查一下，你的${rfamdb}/Rfam.clanin和${rfamdb}/Rfam.cm是否正确存在，以及${rfamdb}/Rfam.cm是否建索引。
1. 指向正确性检测
如果你是在自己的服务器跑这个命令，可能是database指向为空。
检查存在：
l ${rfamdb}/Rfam.clanin
l ${rfamdb}/Rfam.cm
2. 索引检测
如果两个都存在，检查索引：
l ${rfamdb}/Rfam.cm.*
如果为空，需要建立索引：cmpress Rfam.cm
3. 基因组数据检查
如果跑的是自己的数据，需要检查genome.fa本身是否存在空序列、非法字符（N之外的乱码）、长度为 0 的 contig，这个可以通过 samtools faidx ../genome.fa的结果文件 ../genome.fa.fai进行检查。
还有一种情况就是你的单条序列长度过长会存在报错，但是这个目前我还没遇到。
2 个回答
经过核查1、database指向不为空，存在：
l ${rfamdb}/Rfam.clanin
l ${rfamdb}/Rfam.cm
2、索引：
l ${rfamdb}/Rfam.cm.*存在
3、经过检查fa文件没有问题。请问单条序列长度超过多少会报错，我的基因组大小500mb，10条染色体，最大的染色体100mb