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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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最近动态

6天前 发表了文章

2023-02-01 15:06 回答问题

正常的数据一般不用去除,如果核糖体太多说明数据建库测序的时候有质量问题,

2023-02-01 11:33 回答问题

可能是文件下载时终断了,没有下载完整,你重新下载文件试一下,如果还不行再提问;

2023-01-31 23:30 回答问题

这个GWAS关联分析SNP的数量,关联分析群体的基因组平均连锁距离有关,平均连锁距离越大需要的SNP序列越少; 这个可以用群体遗传进化分析中的LDdecay分析得到群体平均连锁距离。 并不是SNP数量越多越好,因为处在同一个连锁区段的SNP,选取其中一个SNP代表这个单倍型就行。

2023-01-30 12:31 回答问题

输入文件都看看,ID不对应,你检查各个文件之间的ID; 不建议到NCBI上下载基因组,文件格式不标准

2023-01-30 12:29 回答问题

用的是我们的docker镜像吗?不是的话可能是前后用的bwa版本不一致 或者,你这个aln重新跑一下,aln可能没有正确跑完

2023-01-30 12:16 回答问题

三代的数据可以用pacbio的isoseq工具得到转录本,用cdhit去冗余之后的序列输入PASA就行; 如果觉得三代的质量好就设置这些ID到:FL_accs.txt 注意:gmap和blat,minimap的功能一样。我们的基因注释docker镜像中PASA用gmap比对可能得不到结果,所有没有设置,用minimap和lbat效果一样的 参考: https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/issues/131 https://www.fron

2023-01-29 10:09 回答问题

export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/python/Python-v3.9.16/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2023-01-29 10:09 发起提问

2023-01-29 08:56 回答问题

最新的docker安装可以参考:https://www.omicsclass.com/article/1927