44分钟前 回答问题

你的轨迹可能只有一个，导致报错，打开那个R脚本这里修改一下：

1小时前 回答问题

下面是手动修改列名的R代码，你自己可以运行修改一下： # 加载必要的包library(Seurat)library(dplyr)## 1. 创建示例Seurat对象（如果已有数据可跳过此步）# 使用Seurat内置数据集seurat_obj <- readRDS("subsetCD8.reanalysis.rds")# 查看原始metadata列名cat("原始metadata列名:\n")print(colnames(seurat_obj@meta.data))## 2. 修改metadata列名

8小时前 回答问题

内置的 基因集数据库用的R包是这个：msigdbr 说明：https://igordot.github.io/msigdbr/articles/msigdbr-intro.html 常见的分组： gs_catgs_subcatnum_genesetsC1 299 C2CGP3384 C2CP29 C2CP:BIOCARTA292 C2CP:KEGG186 C2CP:PID196 C2CP:REACTOME1615 C2CP:WIKIPATHWAYS664 C3MIR:MIRDB23

9小时前 回答问题

还是用之前的脚本合并：示例脚本在： 03.seurat_cluster.sh #合并数据Rscript $scripts/merge_seurat_obj.r -i CD4.added.celltype.rds CD8.added.celltype.rds   -p all.sample.merged

4天前 回答问题

前面有个 export 开头的行命令执行一下；

6天前 回答问题

docker ps -a #查看后台容器，把不要的容器删除，可能有容器已经占用了3000端口；

2025-04-18 09:43 回答问题

对的，样本多需要计算资源多，慢正常的。可以加大计算资源，多投任务； 我们也有代分析服务加快速度，可以联系客服了解：联系客服处理：点击联系客服

2025-04-17 17:17 回答问题

bash  \ 后面不要有任何字符包括 空格； for i in $(cat $workdir/data/data.txt) ; do for Chr in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7 Chr8 Chr9 Chr10 Chr11 Chr12; do  echo "gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller \    -R $REF \    -I $workdir/3.map/result/${i}.sorte

2025-04-17 11:16 回答问题

filezilla 上传的是容器外的路径，注意区分在docker容器里面还是在容器外面； 你这个命令行在容器里面，文件路径是容器外的路径； 你重新打开一个putty，不要启动docker 容器，查看文件上传情况；

2025-04-17 11:10 回答问题

docker hub 国内访问不了，需要组学大讲堂的镜像，可以凭订单号找客服索取：联系客服处理：点击联系客服