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1天前 回答问题

数据分析具有探索性，没有绝对的最好的过滤参数，不同的项目数据特点和分析目的都会有不同的过滤参数； 这个需要自己去摸索，或者参考文献，设置合理的参数得到 质量和数量合适的SNP数量； 一般建议： 最低 4X，缺失率 0.7 ，深度低的样本建议可以去除； 其他种的样本建议放在一起CALL SNP，构建进化树；后续做GWAS时可以删除 其他种的样本； GATK是的比较慢，内存多尽量多给吧；

4天前 发表了文章

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4天前 回答问题

没有办法接着继续GATK不支持，中途断开了只能重新跑；

5天前 回答问题

../id.txt 上一级目录的这个ID列表文件是不是空的，你检查一下；

5天前 回答问题

docker ps -a 这个命令看看的

5天前 回答问题

用我们的镜像分析数据，里面安装了这个脚本，不用你自己去安装；

5天前 回答问题

对的内存目前只用用了 15G； 任务不一定一直用这么多内存和CPU，是动态变化的，你要观察每个任务从开始到结束整个过程内存和CPU使用峰值才行； 盲目的加任务，当任务都达到峰值就会让系统崩溃；