1天前 回答问题

红框框里面的bash命令是顺序执行，一次执行一条，结束了执行下一条，如果需要并行可以使用下面的命令,表示每次并行运行4个任务： ParaFly -CPU 4 -c 3.1.2.gvcf.sh call SNP 费时间速度慢正常的，还和你的计算机性能有关，耐心等待

4天前 回答问题

1.物种太多，单拷贝同源基因自然变少，建议减少物种数量 2.物种里面有没有同源多倍体，如果有同源多倍体需要拆分染色体组，不然没有单拷贝同源基因

4天前 回答问题

这个参数过滤比较严格，你可以删除了重新过滤试试：--minGO 80 你的平均测序深度如果很低，要降低 --minDP  ， 还有降低 --max-missing

4天前 回答问题

对的 scaffold 也要放进去，有些scaffold上也有基因值得关注； 根据自己的需要可以不放scaffold

2026-10-29 16:17 回答问题

只是少量的，可能是重复序列区域的，可以用于后续分析

2026-10-29 10:41 回答问题

是什么系统下的docker？ 这个是编译错误，可能需要换个电脑试试：https://www.omicsclass.com/article/1891

2026-10-29 10:39 回答问题

减少并行线程数试试， -t 8，这样会跑的慢。 还是不够就只能增加物理内存了；

2026-10-28 17:11 回答问题

segmentation fault 这个报错是系统编译差异的问题：见 https://cloud.omicsclass.com/article/1891

2026-10-28 11:58 回答问题

目前 indel不能用于转换supergene.phy 做进化树分析，只能用SNP才行；

2026-10-28 10:11 回答问题

提示端口3000被占用，不要重复启动，删除这个容器重新启动吧