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10 cellchat的netVisual_bubble

  • 2025-03-08 01:40
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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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3 GWAS 曼哈顿 Manhattan 图像问题

  • John 2025-03-11 11:30
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5 在JGI上下载gff文件和fa.gz文件有问题，感谢答疑

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3 GWAS分析后选择关联区域（基因）

  • John 2025-03-11 17:01
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10 老师你好，玉米杂交种进行关联分析代码应该怎么编写，单个性状与基因型数据的。在原有的自交系q，k，qk模型上自改的运行不成功

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15 CCS报错---unsupported sequencing chemistry combination

  • K.K. 2025-03-20 22:00
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老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别截图了基因型文件，表型文件和报错信息，请老师解答。文件是用的tsv格式，只是用excel打开了，命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

  • zjc 2025-04-09 10:53
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老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列表，以及独有家族基因，下一步要做统计家族成员数量、排序及存在缺失分析，请老师帮忙看看，由于我的基因组名称中C01-C09，L01-L09,Q01-109还有另xiaomi等基因组名称与基因id命名对不上，该怎么修改，以上我没有自己修改内部任何内容

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5 老师这条代码里面INV[0-9]、DUP[0-9]， 0-9是什么意思，输出文件中INV后面跟着的数字代表什么

  • Oho 2025-03-11 19:40
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10 老师，请问为什么我的evolview颜色设置和设置基因名称不匹配？

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代谢组进行差异代谢物筛选时，必须对t检验的p值进行fdr矫正吗？我看到大多数论文里都是p值哎

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3 GWAS分析程序问题

  • John 2025-03-11 09:17
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5 老师，请帮忙看下这条命里哪里出问题了，十分感谢

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老师，我正在做泛基因家族存在缺失分析作图作图这一步，前面由于ID.txt与基因家族列表对应不上，将ID.txt文件按照基因家族列表前缀进行了修改，并排序，但是得到的PAV_draw.list和PAV_gene.list,不确定对不对，且作不出图

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3 二次搜索时提示新建立的domain_new.hmm没有TC阈值

  • 2025-03-15 15:54
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老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族成员数量，及根据数量对基因组进行排序时候，由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称，和ID.txt文件里的基因组名称无法链接，有很多基因组无法识别出成员数量，（也就是因为这一步，我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了），请问怎么修改指令？

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重测率，比对率

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braker.pl运行中断

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保留蛋白质编码基因找不到gff文件，但是我是指定了路径的，而且ll也能找到这个文件，这个文件ee查看也看不出来问题