MEGA

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请问在MEGA7.0中出现这种问题该怎么解决？ No common sites found

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老师，用MEGA构建进化树时，是删掉每个序列的所有gap，还是在删除gap的同时要保证各序列对齐？像下面这种情况，删不删除该区段的gap呢？

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测序公司返回的DNA序列，在序列比对时是不是要删除首尾的一些序列？计算保守位点变异位点是不是根据比对后的序列算？多条DNA序列，比如ITS，MatK两条序列怎么拼接起来作为一个组合DNA序列片段来分析？有没有软件和教程，谢谢

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老师你好！多个物种（黄瓜、拟南芥）构建进化树，用蛋白序列做多序列比对时，把所有序列一起弄到MEGA软件中进行比对这样做对么？有老师说用mega做多序列比对时，序列数最好不要超过80条，我提交了300多条一起做的多序列比对，这样做出来的结果会不会有问题呢？

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MAGE建树问题

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犹豫疫情影响，样本rna都降解了，做转录组功能基因挖掘，没办法做qpcr验证了怎么办啊，采样季节已经过去了，没办法补样，有没有人知道有什么办法吗？

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老师，您好，在做WRKY基因家族进化树的时候，使用MEGA软件，进行domain比对做树的时候，需要将WRKY的两个domain提交吗？如果提交两个domain，基因名称重复的问题如何解决

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老师您好，我用MEGA7.0做系统进化树的时候，基因ID中有分号，但是不显示，如果在MEGA中修改ID 的话就显示错误。请问应该怎么解决呢

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老师您好，我在用MEGA构建完系统进化树后，树的下方有一大片空白，选中某一分支的绿色选中框也偏下，不在分支本身，卸载了又重装，重新分析建树依旧是这种情况，想请教一下老师有没有遇到过这种情况，谢谢！

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请问老师我在MAFFT上构建进化树，结果是This is a Neighbour-joining tree without distance corrections。

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mega构树

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已知两个物种每条染色体基因编码的蛋白序列（4条）如何对其四条进行比对？

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构建进化树时，有一个基因家族成员的domain序列太短，成列删除gap也不行，删除整条序列后才能构建进化树，但是这个基因的确是成员之一，有什么解决办法吗

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MEGA7.0

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我在构建进化树的时候，分类依据是拟南芥的分类和进化树本身的特点，但发现有的成员分类错误，采用ML法，校正参数Bootstrap设置为1 000次重复，结果出来后却发现，AtLC10本应该在第二组，AtLC13应该在第三组，但实际的结果恰恰相反，之后我又换了NJ法，结果还是不理想，依然有成员分组混乱，不知道我是哪里做的不对，希望得到指导。（AtLC10:AT5G01190.1,AtLC13:AT5G07130.1）

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