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WGCNA TOM可视化报错

  • 2022-04-06 13:13
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做WGCNA分析，性状数据可以同时有数量数据和分类数据吗？

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请问老师我做WGCNA这一步TOM = TOMsimilarity(adjacency);卡主不动。

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5 安装WGCNA编辑包出现如下问题怎么解决？

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10 WGCNA如何只提取某一模块到Cytoscape中来绘制网络？

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老师你好我在做WGCNA分析时，将癌症样本定义为1，癌旁样本定义为0，同样的代码都是把表型文件以及表达文件以CSV格式输入但是，用另外一组数据出来的结果得到的是性状与模块相关性热图上P值和相关性值全是NA

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10 WGCNA中想做一个样本——模块热图，求指教

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5 老师您好，WGCNA power值很奇怪，感谢您的回答！！

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你好，想问一下在用wgcna分析时，导入后显示不允许有重复的row.names，请问这个问题怎么解决

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老师您好想想您请教一下这个wgcna中临床表型如何转换为数字性状数据呢，不知该如何定义

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WGCNA分析，导出cytoscape的.nodes文件 但是打开txt文档里面的内容是空白的，代码中参数有基因的名字，恳请各位大佬帮忙解决问题。

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10 WGCNA模块数量过少是为什么

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10 求助WGCNA Hub基因选择问题

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WGCNA运行时报错：函数不适用。这是怎么回事呢？

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老师，在运行WGCNA代码sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5)，遇到了这种错误Error in { : task 1 failed - "'x' has a zero dimension."，请问是什么原因呢？

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想请教一下一个问题，用R做WGCNA的Module−trait relationships相关性热图时候，按照官网教程，就出来了这样的图，每个格子太小了，然后我用普通做热图的命令 cellwidth = , cellheight =，也不能行。请问这个要怎么调整呢

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怎么通过wgcna.分析的结果找出hub基因

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老师你好请问在跑WGCNA数据时遇到了这样的情况该如何解决呢，我有转门去加过内存还是出现同样的报错。

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5 如图所示代码问题如何解决

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10 做WGCNA，转录组数据必须要表达数据文件和性状数据文件吗？