超大基因组,超长染色体,凤丹牡丹基因组怎一个难字了得!

上海辰山植物园联合中科院植物研究所、中科院分子植物卓越中心在NC发文公布凤丹牡丹基因组及其关键性状的分子基础!

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  • 发布于 10小时前
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uniref50 数据库下载及格式化

uniref50 数据库下载及格式化

singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError

比如在singularity中运行: singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz  -o $workdir/1.fastqc 可能报错: 可以加一个-t选项,多线程运行,如下图,...

blastp 快速比对注释基因,输出注释信息

blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10  -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1...

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  • 发布于 2022-11-21 16:35
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Pheatmap绘制多分组热图

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seqkit序列处理神器的常用命令

seqkit是一个序列处理神器,有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令,详细内容如下

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-18 17:22
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名额有限-组学大讲堂共享云服务器开售了!

组学大讲堂云共享服务器上线!

contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

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  • 发布于 2022-11-17 21:14
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组装好的基因组通过agp文件得到contig序列

https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391

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  • 发布于 2022-11-17 20:33
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Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

Mac使用FileZilla连接服务器-SSH

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  • 发布于 2022-11-17 12:11
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eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error

eggnog-mapper 注释

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  • 发布于 2022-11-16 15:44
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duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目

duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序,用于基因分类,统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式: $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写,是Dl.blast文件。在运...

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  • rzx
  • 发布于 2022-11-16 14:00
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Linux磁盘配额

Linux磁盘配额

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-15 13:56
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ggtern 安装报错

ggtern 安装报错

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  • 发布于 2022-11-14 23:51
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qiime2分类器的训练

训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网...

hmmer之hmmbuild用法

hmmer之hmmbuild用法

Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle

GetOrganelle软件是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具,可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-14 11:18
  • 阅读 ( 75 )

docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault

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  • 发布于 2022-11-11 13:10
  • 阅读 ( 82 )

Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

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  • 发布于 2022-11-10 10:46
  • 阅读 ( 55 )

Rocky 9下Rstudio-service配置教程

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  • 安生水
  • 发布于 2022-11-08 14:28
  • 阅读 ( 94 )