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GEO数据挖掘中遇见的问题

  • 4天前
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结构方程模型中细菌或真菌群落组成表示

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进化树分组与预期不符

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5 Linux 生信分析环境搭建可以用苹果的OS系统吗，如果可以最低需要什么配置？

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SNPcalling的方式有samtools结合bcftools，或者bcftools，或者gatk，三者之间有什么区别，那种方式更好一些

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clustalw2多序列比对，序列输入不进去

  • 2020-01-09 14:35
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在提取1500bp序列做顺式作用元件检测时，使用tiquxulie.pl这个脚本，开始时显示out of memory，我把虚拟内存提高到了4G，显示zsh：killed,得到的结果还是空的，请问老师这个问题怎么解决呢？

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请教！基因结构分析出现这样的问题如何解决？

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20 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

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你好，老师，能用R语言软件分析GEO数据库中关于lncRNA、microRNA及DNA甲基化表达芯片吗？

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比较基因组学构图（物种间共线性分析）时，anchors生成时，内容为空，但是其他的文件有内容。

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比较基因组学构图（物种间共线性分析时），手动生成两个配置文件时，再运行linux系统中的python绘图时出现这个问题，不知道是不是配置文件出现问题，我检查了bed文件的染色体命名时，没发现什么问题。ZeroDivisionError: float division by zero

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平台信息下载不下来，还有别的解决方法吗？

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你好，老师。同一个基因用视频流程获取的启动子序列2kp，是mRNA前面的2kp，不是CDS区前的2kb.现在提取的启动子都是CDS区前的2kb啊，mRNA与CDS区的注释长度不同，就导致我们获得启动子区域不正确

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10 玉米单个基因与性状的分析

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mega构树

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5 老师，您好。我用这个流程做另外一个基因家族，从ncbi下载下这些RNA Seq的sra文件之后该怎么继续做下去？期望能得到您的帮助。

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请问老师，WGCNA分析后，得到模块里面基因太多，cytoscape做图的问题

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如何手动将aln转成axt？

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加倍分析时没有一条红色线，正常吗