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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，报错，咋整？

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kaks分析时候基因的txt文件中基因的出现乱序如何使用代码进行统一整理

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Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 21小时前
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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 21小时前
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20 从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析，无法获取longest_isoform.gff3文件

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老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

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Error correction and assembling warnings: * 0:12:28.935 6768M / 13G WARN General (kmer_coverage_model.cpp : 327) Valley value was estimated improperly, reset to 16

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老师您好，我在运行alpha diversity calculation 这段代码时出现报错信息，没有alpha_diversity.py这个文件，校验了下提供的代码确实没有，售后老师说可能是软件自带的，请问这种情况改如何解决？alpha_diversity.py，beta_diversity_through_plots.py，make_2d_plots.py，nmds.py，upgma_cluster.py这些都没有

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服务器FZ上上传文件，如果出现了说错误命令，即便只有一条错误命令，即便后面显示传成功了，也必须重新传吗？

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服务器putty上可以进行内存设定和线程设定吗？我按照基因家族环境分析环境搭建ppt上，对内存和线程进行设定，但是在putty上运行不了。

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老师我200个样本的重测序测完以后，构建进化树时进化树的分群信息和我样本的来源信息不同，该怎么解决呀

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基因家族分析，最长转录本，复制的命令，还是报错。咋整

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请问，gff文件打开后没有biotype,就不用运行保留蛋白编码基因那个命令了吗？

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pav分析，在写文章的时候应该如何写怎么到PAV呢？我是通过课程输入代码来的，写文章怎么写呢？

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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有两个基因不在染色体上在contig上，为什么会这样，图片里的contig可以删掉吗，会有什么影响吗