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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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老师想问一下，为什么我在myt2t文件下面创建，但是最后跑去了家目录下面呢，试了好几次了，而且我echo $workdir了确实也是指向的是myt2t这个文件

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运行完Cellranger之后，没看见pbmc-stim里面有out文件夹，然后我再次运行的时候，报错了

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请问我在做性状绘图时出现报错，我的数据格式应如何修改

  • Max 16小时前
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请问我在做GWAS性状绘图时出现以下报错，我的数据格式该怎样修改，该如何解决？

  • Max 17小时前
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dadi

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令行是不是要进行修改如下图所示

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组学大讲堂的一个T2T组装培训课，在进行组装前先除去了和细胞器DNA高度相关的reads。但是我看现在大部分的文章没有特别处理细胞器的DNA，是在组装的过程中已经被除掉了吗？

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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。

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老师，我执行这一步时，总是说找不到文件，但是我检查了都正常呀，都能正常打开

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存在缺失分析

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PGGB泛基因组报错

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dadi分析

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5 mummer比对syri进行SV检测报错

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docker 安装

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 5天前
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请问一下老师，在大讲堂学习的时候用的是docker＋Linux系统，但是回来以后课题组用的是vmware虚拟机，那我怎么将docker的镜像放到vmware中呢

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老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？