2 回答

3 关于泛基因组的pangene.list

1 回答

你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析

1 回答

老师您好，在经过您的2024转录代谢培训班后，我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

1 回答

泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容

1 回答

重测序

2 回答

07.SV_and_gene_expression中删除一些不需要的基因的表达量后文件是空的

1 回答

想咨询一下，宏基因组功能注释的视频中，有一步是用cds.fa文件注释物种，想咨询一下，这个物种注释出来后，应该如何计算丰度？是根据前面cds.count来计算吗，这样计算出的物种丰度可靠吗？因为有些物种可能基因很多。

2 回答

老师 就是我在做snp扫描的时候 ，由于所里的原因中途中断了docker的运行，我就是我还能继续在原来扫描的基础上继续进行吗

1 回答

单细胞测序的细胞通讯分析 cellchat

  • Zzz 2025-04-28 16:55
1 回答

二代和三代sv数据合并出现问题，若能回答，万分感谢

2 回答

老师，就是我把重测序个体分为三组进行SNP扫描，然后把三次扫描的结果进行合并，得到最后的扫描结果，可以这样操作吗，，下面是代码， 或者是有没有可以将其分开进行snp扫描 然后合并的其他方法，还请老师认真帮我解答 谢谢

1 回答

泛基因家族分析pav运行 R脚本运行出现问题

2 回答

蛋白比对结果构建进化树_合并成supergene报错

  • Gi 2024-11-12 14:10
1 回答

ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候，未能得到id.txt文件；2.想问一下：每次关掉putty的时候，都需要重新dockers run进入吗？3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare？4.现在发现需要上传id.txt文件，将11个样本名输到txt文件里面，通过filezilla上传到data，再进行docker run？

1 回答

老师 我想问一下就是这个snp的统计是哪里呀 我视频里面看啦 说是SNP_gene_ann.stat里面的最后一列total ，但是我统计出来有一千五百多万，才36个个体 会不会太多了呀，还是直接wc -l对vcf文件进行统计呀

1 回答

老师您好，我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件，格式不是.fa后缀的，可以用来分析吗，是不是需要转换一下格式？

0 回答

5 docker打不开镜像

2 回答

AWK整理泛基因集文件出现部分问题

1 回答

docker search镜像时报错

1 回答

老师，在第三步vcf文件过滤时，得到的all.clean.vcf文件太小了，宽松设置调整数值后，依旧很小，怎么办啊，有没有其他的方法，可以让最后的数据大一些啊