样本原本是放在酒精中常温保存10年左右，酒精已经干了。在DNA提取中发现DNA量极低，使用MDA方法扩增建库，BGI测序后做群体遗传分析。在snp-calling中发现比对率异常，具体如下。

[root@1d066d310974  23:24:26 /work/reseq_demo/3.map/result]# cat 268.map.stat.txt 

129649865 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)

129589994 + 0 primary

59871 + 0 secondary

0 + 0 supplementary

15199133 + 0 duplicates

15199133 + 0 primary duplicates

40812477 + 0 mapped (31.48% : N/A)

40752606 + 0 primary mapped (31.45% : N/A)

129589994 + 0 paired in sequencing

64794997 + 0 read1

64794997 + 0 read2

40109494 + 0 properly paired (30.95% : N/A)

40284340 + 0 with itself and mate mapped

468266 + 0 singletons (0.36% : N/A)

144394 + 0 with mate mapped to a different chr

18468 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)

我的这个物种研究的人很少，在数据库中无近缘种的基因组报道，NT比对有60%的unknown序列（正常样本在90%左右）。是否还可以进行后续的snp分析。