21小时前 回答问题

他最后一个报错是说，这个t2t的名字已经被一个容器用了，可以删掉之前叫t2t的容器然后重新启动一下。

22小时前 发表了文章

2026-01-09 15:33 发表了文章

2026-01-08 17:00 回答问题

bwa建索引没报错，你这个是annovar建库的错。需要检查gff3.但是你先可以跑比对

2026-01-08 13:25 发表了文章

2026-01-06 15:42 回答问题

公司返回给你的vcf文件里面可能是没有区分snp和indel的，需要先分开snp和indel再使用这三步进行过滤。正常第一步不会少这么多。假设以173G作为基准的话，第二步和第三步过滤保留的文件大小没什么问题。 主要是LD过滤里面会删掉关联的SNP，这一步是会删掉非常多位点的。但是在很多步骤里面其实使用的是第二步的vcf，只有部分分析要求snp是独立的才会使用第三步过滤的vcf。

2026-01-06 14:56 回答问题

..不是，你在运行这个指令的时候，要么fa和gff3写绝对路径，要么在当前文件夹下面存在你现在指定的fa和gff3.你现在的文件夹下面只有index.sh，运行的时候根本找不到基因组和gff3文件。

2026-01-06 11:22 回答问题

没带 $指定变量，课程资料里面写的是 $scriptdir，请严格按照课程资料进行模仿，或者补充基础知识：shell中变量的类型以及如何再命令行使用指定变量

2026-01-05 16:41 回答问题

结果哪儿不一样了，是大小吗？如果大小不一样通常是由于排序导致的压缩率不同。排完序去重之后应该都是一样的。

2026-01-05 16:32 回答问题

我们提供的好像都是docker的镜像（.tar.gz结尾，使用的时候需要docker load 之后再docker run），不是singularity的