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2天前 回答问题
设置依据是前面那一步，jellyfish stats -o illu.stat illu，这一步的结果illu.stat里面有个Max_count，-h和-m设置的比这个数字大就可以了。不同样本的差异根据这个统计结果判断。
4天前 发表了文章
4天前 回答问题
k=24的设置是没有问题的，如果你的contig比较少不太碎，他自动的信号识别可能会出错，这个时候考虑在juicebox手动划分吧
6天前 回答问题
braker的结果就是这个格式
2025-04-14 14:22 回答问题
verkko组装结果里没有这个，需要你自己用HiC数据比对到基因组上，然后生成.hic和.assembly文件
2025-04-14 14:05 回答问题
polish用的是什么软件呢？只使用了三代数据进行抛光吗？抛光完成之后和参考基因组或者和之前的组装做比对的话，共线性差异大吗？基因组减小了多少呢？可以采用racon对7个gap的组装重新做一下抛光。
2025-04-03 14:46 回答问题
根据你上传的附件，最后停在了AUGUSTUS优化这一步 检查一下软件和环境和自身的权限，建议使用我们的容器。
2025-04-01 10:45 回答问题
easySFS.py是easySFS这个软件里的： https://github.com/isaacovercast/easySFS
2025-03-17 17:40 发表了文章
2025-03-07 11:31 回答问题
矩阵整理可做可不做，后面有单独的PAV分析