1天前 回答问题

你发的文件里面全是截图，我这边是完全看不清楚内容的，提问建议提供运行命令、输入文件截图和报错信息。你第一次做的那个是划分成了chr的状态（蓝色框），第二个做的里面只有contig（绿框）而没有挂载到染色体上的信息，正常应该是这样：在你没有chr（或者说是一条很大的染色体）的时候去绘图会报错，比如说你指定了需要画10条染色体但是只有1条，这是为什么共线性无法出图。确认了酶切没有问题，是第一次没有问题还是第二次使用的没有问题？因为你第二次没有挂载成染色体。左滑没有出现红色是指你在juice box里面滑动我下图

2天前 回答问题

你的酶切和公司给你的现在是一致的吗？demo里面热图的图例你可以参考一下：如果你酶切和真实的保持一致了，那就尝试juice box右侧那个颜色标尺，你往左边滑一下。

3天前 回答问题

应该在比对就有问题，需要 检查hic比对里面酶切位点是否指定正确

4天前 回答问题

掩盖问题可能是因为锯齿上下幅度过大导致的，增大窗口使得绘图尽量平滑，修改Plot_MultiPop.pl绘图命令的 -bin1 数字 -bin2 数字可以改善。

2026-03-05 16:14 回答问题

1. metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB：有点小，需要进一步评估是否可以使用。使用BUSCO或CheckM等工具评估组装基因组的完整性和污染率。如果BUSCO完整性高（>95%）且污染率低（<5%），说明组装质量较好，可以用于下游分析2. cd-hit-est去除重复contig卡死：cd-hit-est默认参数会进行全序列比对，26w个contig可能导致内存溢出或进程卡死。可以尝试一下MMseqs2​。3. iteratively assembly组装

2026-03-05 15:51 回答问题

1.  出现这个问题是因为PSMC对数据质量极为敏感，杂合度高和参考基因组差会导致大量杂合位点被误判为测序错误，从而无法有效构建图 2.杂合度高是物种特性吗？也就是参考基因组只有一套染色体，但实际上应当是两套染色体才能降低比对产生杂合度的问题。 3. 如果没有更好的基因组可以选择，接下来两个思路：  3.1 使用更严格的参数过滤低质量位点  3.2 调整PSMC参数。比如突变与重组率参数（-r，可以考虑调低），时间阶段的划分方式参数（-p，可以尝试简化模式，如 -p "4+25"） 如果以上两条解

2026-03-05 10:42 回答问题

可能是只剩下最后一个了

2026-03-02 10:16 回答问题

可以去了解一下HaplotypeCallerSpark得使用，对应修改脚本

2026-02-27 12:00 发表了文章

2026-02-25 15:46 回答问题

1. 当你增加PCA数量时，模型引入了更多的协变量来校正群体结构，使得模型对表型变异的解释更加严格，这会导致你p越来越大。2. 背景噪音被有效校正，也会导致峰越来越明显。3. PCA数目选择标准可以基于qq图，如果大部分散点紧贴对角线，只有少数极端值偏离，说明模型拟合良好。4. 群体结构得到的Q矩阵进行矫正效果没有显著优于PCA。除非你的研究群体是高度分化的、界限分明的几个亚群，且你明确知道K值。