1天前 回答问题

1. 当你增加PCA数量时，模型引入了更多的协变量来校正群体结构，使得模型对表型变异的解释更加严格，这会导致你p越来越大。2. 背景噪音被有效校正，也会导致峰越来越明显。3. PCA数目选择标准可以基于qq图，如果大部分散点紧贴对角线，只有少数极端值偏离，说明模型拟合良好。4. 群体结构得到的Q矩阵进行矫正效果没有显著优于PCA。除非你的研究群体是高度分化的、界限分明的几个亚群，且你明确知道K值。

2026-01-30 14:05 发表了文章

2026-01-21 16:05 回答问题

他最后一个报错是说，这个t2t的名字已经被一个容器用了，可以删掉之前叫t2t的容器然后重新启动一下。

2026-01-21 15:57 发表了文章

2026-01-09 15:33 发表了文章

2026-01-08 17:00 回答问题

bwa建索引没报错，你这个是annovar建库的错。需要检查gff3.但是你先可以跑比对

2026-01-08 13:25 发表了文章

2026-01-06 15:42 回答问题

公司返回给你的vcf文件里面可能是没有区分snp和indel的，需要先分开snp和indel再使用这三步进行过滤。正常第一步不会少这么多。假设以173G作为基准的话，第二步和第三步过滤保留的文件大小没什么问题。 主要是LD过滤里面会删掉关联的SNP，这一步是会删掉非常多位点的。但是在很多步骤里面其实使用的是第二步的vcf，只有部分分析要求snp是独立的才会使用第三步过滤的vcf。

2026-01-06 14:56 回答问题

..不是，你在运行这个指令的时候，要么fa和gff3写绝对路径，要么在当前文件夹下面存在你现在指定的fa和gff3.你现在的文件夹下面只有index.sh，运行的时候根本找不到基因组和gff3文件。

2026-01-06 11:22 回答问题

没带 $指定变量，课程资料里面写的是 $scriptdir，请严格按照课程资料进行模仿，或者补充基础知识：shell中变量的类型以及如何再命令行使用指定变量