5天前 回答问题

1. NCBI没有gff是因为作者没有上传，可以发邮件给通讯问询。NCBI的gbff无法转为gff。2. liftoff本质上是同源查找。如果不是同一个品系，可信度会打折扣。3. 根据基因组序列进行蛋白编码基因注释耗时长，我们基因组组装注释的课有讲。如果你标准比较低可以参考豆包给的liftoff方案，需要先用泛基因组课程里面的序列比对找到序列之间的对应关系，然后去做liftoff。

6天前 发表了文章

2026-09-03 22:18 回答问题

该问题不属于课程范畴。其中第三条，通常基因组杂合度低于0.5%认为是简单基因组，此时调研图所得到的基因组大小最贴近组装大小。在杂合度1.2%的时候通常建议组装两个单倍型基因组，如果没有做单倍型区分，由于杂合区域的存在，该组装会大于调研图预测基因组大小。

2026-09-02 14:40 回答问题

比对率低考虑污染。如果一定要继续往下分析建议做一下污染序列去除，或者只保留比对打分很高的部分进行后续分析。但是仍然存在风险：1. 深度降低，数据可信度存疑：假设原始 10× 数据，比对上 30% 相当于有效深度只剩 ~3×，低于 WGS 可信 SNP calling 的常规底线2. 如果各样本比对率不一致，低比对样本缺失率高，GWAS/PCA 会把“测序质量问题”误判成“群体结构”

2026-09-01 16:22 发表了文章

2026-08-31 16:48 回答问题

不知道你说的对应是什么意思，按照数格子得方式进行对应：

2026-08-31 10:18 回答问题

1.检查是否有不可见字符或者复制粘贴问题2. 确认通配符是否展开echo /work/T2T-demo/08.1.ChromSyn/ragtag.scaffold.*

2026-08-31 10:01 回答问题

“LD.p.”是你自己给的输出文件前缀*.TriangleV.gz 区域内成对的 R^2/D’计算结果LD.p.site.gz 过滤后剩余的进入计算的 SNPsR ，第一列是chr ，第二列是site（snp所在位置）你说的LD区块分成两个意思，一个是根据LD衰减图确定LD block大小，在候选SNP左右两侧延申一个LD block所形成的。一个是 在LDBlockShow结果中联系紧密的SNP之间自动会被划定为一个block，这个结果在blocks.gz文件中有所体现。

2026-08-25 17:13 回答问题

NT库下载不在课程范畴中，请参考NCBI官方NT库下载指南

2026-08-21 12:00 回答问题

下载数据在本地就可以，不需要进入容器