11小时前 回答问题

NT库下载不在课程范畴中，请参考NCBI官方NT库下载指南

4天前 回答问题

下载数据在本地就可以，不需要进入容器

6天前 发表了文章

2026-08-05 16:26 回答问题

他主要是基于web提供的可视化服务，使用参考这个：图形泛基因组可视化 - 组学大讲堂问答社区本地使用参考：GitHub - vgteam/sequenceTubeMap: displays multiple genomic sequences in the form of a tube map · GitHub

2026-08-03 11:20 回答问题

这个库比较大，我们无法通过网盘进行提供，下载和配置可以参考这个帖子：https://blog.csdn.net/m0_67672416/article/details/160833086我们网站上也有下载和拆分的教程：按物种拆分blast本地库 - 组学大讲堂问答社区

2026-07-27 13:57 回答问题

技术上都可以做 SNP calling，但都不推荐作为群体分析的主力数据。hic需要仅保留valid pair

2026-07-21 17:08 回答问题

说明目前过滤标准对你的数据来说太严格了，目前过滤标准为： --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2 1. 如果你测序深度低，删除这个参数：--minDP 32. 如果不是二倍体，删掉这个--min-alleles 2 --max-alleles 23. 如果样本多样性差，下调--maf 0.05 --max-missing 0.7

2026-07-06 15:46 回答问题

Orthogroup.GeneCount.cafe.tsv.new需要检查，主要是检查Cocos_nucifera这个物种所在列是否全部为空

2026-06-29 11:13 回答问题

超出课程范畴，有更多定制需求可以联系助教老师

2026-06-29 10:59 回答问题

需要提供CP162209.1.recode.vcf.gz截图看看是不是QD没有，正常GATK进行call SNP得vcf都有QD，vcftools分割的时候需要选择保留所有info才可以。一般是在前面call得时候就进行染色体分割了，然后再按照染色体过滤，不是只在VariantFiltration才进行染色体分割