6天前 回答问题

需要检查一下，你的${rfamdb}/Rfam.clanin和${rfamdb}/Rfam.cm是否正确存在，以及${rfamdb}/Rfam.cm是否建索引。1. 指向正确性检测如果你是在自己的服务器跑这个命令，可能是database指向为空。检查存在：l ${rfamdb}/Rfam.claninl ${rfamdb}/Rfam.cm2. 索引检测如果两个都存在，检查索引：l ${rfamdb}/Rfam.cm.*如果为空，需要建立索引：cmpress Rfam.cm3. 基因组数据检查如果跑的是自己的

2026-10-07 16:38 回答问题

cactus在docker里，你在docker里面运行这个命令只是写入环境变量而已

2026-10-07 11:59 回答问题

SyRI 在默认情况下要求两个基因组组装具有相同数量的染色体，并且同源染色体 ID 完全一致

2026-09-29 11:11 回答问题

41行，nucmer比对被kill了。无法看到具体原因，一般这种比对被终止常见原因是内存耗尽。

2026-09-29 11:06 回答问题

报错是80-106行的话，输入文件每个命令有三个，目前你提供的两个没看出来问题，--gene的输入需要检查

2026-09-29 10:48 回答问题

-c interval [interval ...], --interval interval [interval ...]                         set cut interval,example (0,1],(1,6],(6,7],(7,8]                         [default (0, 1, 6, 7, 8)]比如你现在12个材料，只在1个里面出现的是私有的，2-8个里面出现的是可有可无的，9-10个里面出现的是软核心，11-12个里面出现是co

2026-09-20 09:12 回答问题

1. NCBI没有gff是因为作者没有上传，可以发邮件给通讯问询。NCBI的gbff无法转为gff。2. liftoff本质上是同源查找。如果不是同一个品系，可信度会打折扣。3. 根据基因组序列进行蛋白编码基因注释耗时长，我们基因组组装注释的课有讲。如果你标准比较低可以参考豆包给的liftoff方案，需要先用泛基因组课程里面的序列比对找到序列之间的对应关系，然后去做liftoff。

2026-09-18 17:30 发表了文章

2026-09-03 22:18 回答问题

该问题不属于课程范畴。其中第三条，通常基因组杂合度低于0.5%认为是简单基因组，此时调研图所得到的基因组大小最贴近组装大小。在杂合度1.2%的时候通常建议组装两个单倍型基因组，如果没有做单倍型区分，由于杂合区域的存在，该组装会大于调研图预测基因组大小。

2026-09-02 14:40 回答问题

比对率低考虑污染。如果一定要继续往下分析建议做一下污染序列去除，或者只保留比对打分很高的部分进行后续分析。但是仍然存在风险：1. 深度降低，数据可信度存疑：假设原始 10× 数据，比对上 30% 相当于有效深度只剩 ~3×，低于 WGS 可信 SNP calling 的常规底线2. 如果各样本比对率不一致，低比对样本缺失率高，GWAS/PCA 会把“测序质量问题”误判成“群体结构”