2026-03-19 16:36 回答问题

“更改了酶切位点改为2以后能生成11个文件，得到的热图....”这个最下面的热图不是蛮正常的吗？标度尺也是正常的。然后你的groups.hic.heatmap的文件夹里面还有一个500K_all_chrs.pdf，那个图里面有几个小图？是11个吗？我不知道你的k设置的是多少？是11吗？

2026-03-19 11:21 发表了文章

2026-03-18 18:08 回答问题

test_7和8没跑成功。有没有检测到基因流需要根据introgression进行判断，检测出来就是P1 => P4这种标识

2026-03-18 15:21 发表了文章

2026-03-18 10:42 回答问题

你的树每个节点的高度都完全不同且单调递增，DFOIL_Picker_mod_noEdge.R 对于每个节点又只考虑高度大于或等于当前节点高度的其他节点（脚本133行）。这就导致在进行组合的时候，每个节点要么没有足够高的其他节点，要么符合条件的节点都是自己的后代而被排除。所以没结果是树形导致的。要么把70行注释掉不用。或者62行注释，换成64行。或者把133行条件放宽改成compnodes <- nodes[!(nodes[,2] %in% c(node_id, desc1)) & nodes[

2026-03-16 11:39 回答问题

astral.species里面样本名和树的叶子节点是否一致

2026-03-16 11:14 回答问题

直接which conda之后找到conda所在文件夹，删除这个文件夹就行了。记得删除配置文件 .bash_profile中关于conda的内容或者你参考这个

2026-03-16 11:11 回答问题

一般会通过第一种方法“通过结合表型值判断不同基因型是否存在显著差异”。“优势单倍型”是指引起表型变化的还是指占比最高的单倍型，如果是占比最高的，那设计标记进行分型得目的和表型怎么关联呢？

2026-03-12 14:14 回答问题

你发的文件里面全是截图，我这边是完全看不清楚内容的，提问建议提供运行命令、输入文件截图和报错信息。你第一次做的那个是划分成了chr的状态（蓝色框），第二个做的里面只有contig（绿框）而没有挂载到染色体上的信息，正常应该是这样：在你没有chr（或者说是一条很大的染色体）的时候去绘图会报错，比如说你指定了需要画10条染色体但是只有1条，这是为什么共线性无法出图。确认了酶切没有问题，是第一次没有问题还是第二次使用的没有问题？因为你第二次没有挂载成染色体。左滑没有出现红色是指你在juice box里面滑动我下图

2026-03-11 17:41 回答问题

你的酶切和公司给你的现在是一致的吗？demo里面热图的图例你可以参考一下：如果你酶切和真实的保持一致了，那就尝试juice box右侧那个颜色标尺，你往左边滑一下。