5天前 回答问题

说明目前过滤标准对你的数据来说太严格了，目前过滤标准为： --maf 0.05 --max-missing 0.7 --minDP 3 --maxDP 1000 --minQ 30 --minGQ 30 --min-alleles 2 --max-alleles 2 1. 如果你测序深度低，删除这个参数：--minDP 32. 如果不是二倍体，删掉这个--min-alleles 2 --max-alleles 23. 如果样本多样性差，下调--maf 0.05 --max-missing 0.7

2026-07-06 15:46 回答问题

Orthogroup.GeneCount.cafe.tsv.new需要检查，主要是检查Cocos_nucifera这个物种所在列是否全部为空

2026-06-29 11:13 回答问题

超出课程范畴，有更多定制需求可以联系助教老师

2026-06-29 10:59 回答问题

需要提供CP162209.1.recode.vcf.gz截图看看是不是QD没有，正常GATK进行call SNP得vcf都有QD，vcftools分割的时候需要选择保留所有info才可以。一般是在前面call得时候就进行染色体分割了，然后再按照染色体过滤，不是只在VariantFiltration才进行染色体分割

2026-06-24 17:22 回答问题

hapSummary或 hapPrefix参数有问题，导致无法正确提取或匹配单倍型结果。我们脚本里会自动给hapPrefix赋值为“Hap”，所以应该是hapSummary出现了问题。hapSummary是对hapResult进行汇总整理得到的，通过你上面的这个log文件： Scanning file to determine attributes. File attributes:   meta lines: 3374   header_line: 3375   variant count: 5

2026-06-23 13:53 回答问题

内存或系统资源被触发 OOM Killer 杀掉进程。如果是10.pep_aln.renamed这个结果有问题，那你可以ll aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个比对结果的大小有没有问题，也可以grep ">" -c aln_out/10.pep_aln.renamed看看这个序列数目对不对。但是如果是一个比对结果有问题的话应该是报错，你显示的是killed更类似于资源不足。被killed之后查看内存意义不大，可以单开一个窗口，看看在运行过程中内存占用情况。

2026-06-18 19:02 回答问题

ZS11.v0.gff3里面在你指定的这个区域存在方向的缺失（第 7 列），需要检查一下

2026-06-16 15:55 回答问题

vcf基因组坐标区间采用了“倒位 断点上游 + 倒位区间 + 下游”的记录，ANNOVAR 使用 SV 的基因组坐标区间，你的 INV 被记录为覆盖从 GeneA 附近 到 GeneB 附近，注释按这个区间来。一个断点在 GeneA，另一个断点在 GeneB（或两者分别靠近两个基因），注释就会显示该 SV 影响 GeneA 和 GeneB。你可以检查一下断点是否在两个基因的外显子/剪切区？也可以在IGV加载 BAM + VCF确定倒位仅为 65 bp，而非 19 kb 。如果是按照现在你的描述去解释的话：该

2026-05-29 17:01 回答问题

看不到kill的原因，推测是内存或者存储问题

2026-05-28 09:26 回答问题

这个r脚本可以做改动（推荐优先更改宽高等信息），但是也不是全部适配的，直接ps或者ai修改吧。