1天前 回答问题

因为你nohup这个命令，但是没有把这个命令写成sh的脚本去运行，这样log文件会输出到你的结果文件里面。命令写成sh文件，再提交运行。得到新得结果。

2025-08-18 14:02 回答问题

这个都是一些断的scafford，使用的原始数据是完整的吗，大概有多少G？目前解决办法如下：1、在跑命令时可以增加轮数（-R选项），可以重新指定更近缘物种的叶绿体完整组装序列作为参考（-s 选项），或者不指定-s选项。各种都尝试跑一下命令。2、如果按法一尝试了各种命令还是不行，那可能是测序数据不够，或者可以拿最长的一条contig出来，去novoplasty里作为种子序列进行延伸，看是否能延伸出完整序列。

2025-08-15 17:30 回答问题

文件中的序列可能全是空行或仅包含间隔符（*或-），导致程序无法初始化非空位点列表。输入文件检查。

2025-08-15 17:28 回答问题

后面没加&符号没有提交到后台运行

2025-08-12 10:24 回答问题

需要检查你的结果文件空不空。同时去GFF里面搜索一下这些基因，看是否是编码蛋白的。如果你的gff3文件最后一列不含有biotype字样，这步过滤可能会导致结果为空

2025-08-11 15:48 回答问题

你本质就是比对这一步存在问题，我推测大概率是你输入文件存在问题。只看你的报错地方和报错内容推测：1. 某些基因簇（orthogroups）可能为空，或包含的序列数量过少。检查 OrthoFinder/Results_*/Orthogroups/Orthogroups.txt，确认是否有异常的基因簇（如 OG0000000后面没有序列）。你可以运行一下这个：awk '/^OG/ {print $0; next} {print NF}' OrthoFinder/Results_*/Orthogroups/Ort

2025-08-11 11:42 回答问题

索引大于或小于列表的有效范围。1. 确认输入fa文件没有任何空行2. 物种名称规范​​，每个文件名代表一个物种，且文件名中​​不能包含特殊字符（如空格、括号、逗号等）3. 如果输入数据较大，减少线程数（-t）或增加内存4. 如果问题集中在某个特定文件，尝试逐步排除，逐个物种运行测试5. 如果不能定位是在哪一步出现的问题，可以尝试分步运行OrthoFinder

2025-08-11 11:32 回答问题

orthofinder没跑完，可能跑的过程中出现了报错

2025-08-08 18:25 回答问题

这个是你下载的基因组里面存在>VBZB01000078.1这种名字的序列吧？要不行换个基因组。或者你基因组做一下预处理，只要前面的高质量的序列。

2025-08-08 11:48 回答问题

可能是输入文件格式问题或脚本未处理空列表的边界条件。优先检查输入文件有没有空的序列