1天前 回答问题

参考这个：gatk 对多个样本的g.vcf文件进行合并、进行变异检测 - 小鲨鱼2018 - 博客园

1天前 回答问题

sample_files 的内容需要检查一下,以及里面的内容是不是都在当前文件夹下？可以看一下同样的软件做的SV合并有没有问题，如果SV没问题可能vcf里面没有什么能合并的cnv

2天前 回答问题

和线程关系不大，需要检查一下前面的g.vcf.gz都正不正常，以及他们的索引文件是否正常，如果涉及到染色体长度超过512M可能会引起一些索引的问题。或者你选择继续往下跑一下看看有在db变成vcf这一步有没有更明确的报错。以下是关于“htsjdk.samtools.SAMFormatException: Did not inflate expected amount” GATK作者做出的答复，以及最后的解决方案： "Did not inflate expected amount" Error – GATK

2天前 回答问题

直接运行之后就终止了吗？还是出现这个信息之后他还在运行？GATK作者有关于这个问题的回复：GenomicsDBImport cannot use multiple VCF reader threads for initialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. – GATK

2天前 回答问题

没有表型数据以及分组数据这个脚本会直接报错，需要自己拆解R代码运行

2天前 回答问题

需要检查是不是/tmp文件夹占满了磁盘空间，练习的服务器可以使用的存储大概在45-50G，原始数据、镜像都会占空间。

2025-07-25 11:03 回答问题

3D DNA手动切割一下，要么就打碎重新跑一下。ALLHIC有自己的打碎重跑流程。

2025-07-23 18:13 回答问题

最开始的错误是这个Unable to open file draft.asm.fasta.near_.500.bed，这一步是否执行：export PATH=$PATH:/share/work/biosoft/bedtools/如果执行了，看一下bedtools能不能使用：bedtools -h，如果不能说明你的bedtools不在环境变量里

2025-07-22 15:04 回答问题

GGE双标图分析+传统的方差分析和多重比较，PLINK支持交互项分析。

2025-07-22 14:58 回答问题

1. 确认你的“for i in Chr1 Chr2 Chr3 Chr4 Chr5 Chr6 Chr7;do”这边修改成了你vcf里面的序列ID 2. 需要check你的vcf文件里面样本名称在wild_popid.txt和cultivated_popid.txt 都是存在的。 3. --size $window  --step $step --maxsnps 200 --minsnps 5看下你划分的窗口里面snp数目在5-200这个范畴吗