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免疫

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免疫浸润课程里按代码下载的肿瘤simple_info里面的资料比以前视频里的少了

  • Gre 2022-10-20 21:48
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代码报错

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TCGA下载 docker报错

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TCGA下载

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40 运行GDCprepare(query, save=FALSE)时错误

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10 TCGA数据下载完成后，运行prepare代码进行数据整理时报错，如图所示，各位老师如何解决呢？谢谢啦！

  • 2022-04-08 13:14
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大家好啊，新手一枚，去多关照哈

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5 老师您好，您之前的文章有一篇《TCGA临床数据各列含义》，有一部分临床数据找不到，请问有没有官方文档可以找到全部临床数据各列含义？

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老师您好，可以问下临床信息中的days_to_death这种指的是从什么时候到死亡的时间吗？

  • 2021-11-22 14:30
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lasso cox 进一步筛选预后基因（排除共线性），简化模型

  • Gre 2021-11-15 17:05
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使用tcga_gene_exp_download.r下载TCGA数据始终无法产生gene expression相关的文件 killed

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请问这个网站是干哈的？

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lasso cox 进一步筛选预后基因（排除共线性），简化模型

  • 2021-09-05 23:45
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tcga_gene_exp_download.r 运行后只得到临床数据，为啥的不到基因表达的counts，tpm，fpkm

  • 2021-08-31 17:17
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tcga_gene_exp_download.r -p TCGA-STAD -m 下载tcga数据，过程中进程多次在同一个地方被killed

  • Lei 2021-08-30 00:41
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按照课程里的代码用R分析TCGA数据差异基因的KEGG富集，发生报错

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老师 你好，我通过Git bash利用代码 tcga_gene_exp_download下载数据提示terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc' what(): std::bad_alloc，无法分析后续数据

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10 请问老师有没有"医学癌症TCGA-基因差异表达分析"课程基因表达数据下载后提取癌症组织数据，并用于课程“医学癌症TCGA-生存分析”的代码，感觉跨度有点大。

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老师，您好，我在用你TCGA课程的cox函数做生存分析，每次通过barcode 提取病人的编号,rowname 转换成病人编号,取barcode 前12位，datExpr里面的barcode 编号分隔符变成“.”，然后合并数据后clin变成了0