泛基因家族分析之基因家族成员选择压力分析

老师我在做基因家族成员选择压力分析时,得到了all_kaks之后,下一步该绘制kaks密度分布图,使用脚本Rscript /work/scripts/kaks_plot.r -i all_kaks -p kaks --xlab ka/ks --min 0.05 --max 3 -H 10,之后会提示如下错误,

attachments-2025-11-edlANfRH6918a5d8b8289.png尝试安装包时候出现错误# 设置C99标准并重新安装所有必要包

CFLAGS="-std=gnu99" CXXFLAGS="-std=gnu99" R -e "

install.packages(c('ggplot2', 'ggsci', 'viridis', 'dplyr', 'tidyr'), 

                 repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)

"attachments-2025-11-KR3DTAfL6918a5f9a7f2a.png

一直安装不成功,这个分析之前做过很多次(由于反复修改数据),都没有出过问题,请问是什么问题呢,该怎么解决?

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1 个回答

rzx

镜像和脚本是配套的,不用在容器里面更改R包。可以检查一下镜像和脚本,重新开一个容器运行尝试一

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