泛基因家族 - 组学大讲堂问答社区

泛基因家族

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vcf文件如何合并

Connie 2025-04-24 22:51:05

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老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，

Connie 2025-04-23 10:25:16

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泛基因家族，典型基因和非典型基因的热图怎么做？

乌鱼便当 2025-03-07 15:11:42

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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

Connie 2025-02-27 15:17:24

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请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

Connie 2025-02-14 20:42:29

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老师，想问一下我泛基因集构建生成的last.gene.pair.txt文件是乱的，这个怎么办呢？应该怎么统一一下呢？

胡胡 2025-02-12 18:36:39

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

胡胡 2025-02-12 17:25:45

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请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

Connie 2025-02-11 15:34:31

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泛基因家族分析cds提取出现killed

樱子阳 2024-12-23 10:04:33

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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在，但目录里没有任何内容

蓝色与云. 2024-11-30 19:56:24

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结构变异注释步骤生成文件为空

树心台 2024-09-24 17:11:04

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结构变异注释结果文件为空

树心台 2024-09-24 11:00:37

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KAKS作图问题

树心台 2024-09-23 20:44:32

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老师，绘制PAV图时，结果如图，还有报错信息

Orange_flame 2024-06-20 17:54:35