提供感兴趣基因进行分支分析时，出现Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected报错

运行代码

Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2_branch_analysis.r -i monocle2.CelldataSet.qs \

--branch_point 2 -o branch2 --gene.list monocle2.selected.Gene.tsv --qval 1e-2 \

--interest.genes Cc11G1053 Cc10G0497 Cc02G1594 Cc02G2288 Cc06G0565 --interest.genes.color.group mycelltype

出现以下报错

Error in simple_vs_index(x, rlang::eval_tidy(args[[1]]), na_ok) :

Unknown vertex selected

Calls: BEAM ... buildBranchCellDataSet -> [ -> [.igraph.vs -> simple_vs_index

Execution halted

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 3天前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看看这个图你的有没有圆圈 2 ：