空间转录组saw count 运行到register时报错

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2025-12-20 17:40:00 [runtime] (rule_register) (start:register) 31773 python /work/saw-8.2.1/lib/register/register/main.pyc -i /work/Rawdata/BS/A04244C4_ssDNA.tar.gz -o /work/mySTOmic/01.saw/BS/STEREO_ANALYSIS_WORKFLOW_PROCESSING/IMAGE --sn A04244C4 -v /work/mySTOmic/01.saw/BS/STEREO_ANALYSIS_WORKFLOW_PROCESSING/ANNOTATION/A04244C4.raw.gef --gpu -1 --core 40 -w True >/work/mySTOmic/01.saw/BS/STEREO_ANALYSIS_WORKFLOW_PROCESSING/IMAGE/log_register 

2025-12-20 17:40:00 [runtime] (rule_register) (run:register) 31773

2025-12-20 17:40:35 [runtime] (rule_register) (error:register) 31773 KeyError: 'DAPI'

经常keyerror,前几次是 KeyError: 'ssDNA'

另外还有saw count中断之后,可不可以接着之前的部分继续运行




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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

有没有运行成功的样本? 如果没有,可能是电脑内存不够导致: free -h 查看一下内存多不多

最好贴一下运行的命令行,是不是命令行写错了,导致;


A04244C4_ssDNA.tar.gz 检查图片压缩包里面是不是缺了文件,


参考这里使用原始图片输入试试:--image

https://stereotoolss-organization.gitbook.io/saw-user-manual-v8.0/tutorials/stereo-seq-ff



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