spaceranger分析，代码：nohup sh 00.spaceranger.sh >00.spaceranger.sh.o&，日志显示 signal: killed

询问ai提示是任务运行所需的内存峰值超过了系统可用资源，后续将命令的 --localcores参数从 20 逐步下调至 12、8，任务再次被终止。再后续尝试只进行单个任务也是这样失败了。望早回复，这个问题已经卡了两三天了，没办法进行后续分析...

ps：因磁盘内存限制190G，想先删除个别已上传但未用上的数据，显示删除失败，好像是没有sudo权限，这个又怎么处理？

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2小时前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你先运行 linux命令：free -h

看看计算机资源

1.如果是在我们组学大讲堂云服务器运行，你说说你云服务器配置

2.如果是自己电脑运行，看看配置的

磁盘是存储。内存指的是运行内存，一般都是内存不够，你降到--localcores 1 试试，

spaceranger推荐内存128G：https://www.10xgenomics.com/support/software/space-ranger/downloads/space-ranger-system-requirements

雷打不动 1小时前

是用的你们的服务器。我尝试过--localcores 4，等了一晚上加一上午，实在不知道需要多久才能把结果跑出来，用--1岂不是得等个几天吗，在这第一步分析已经反复错误重来过七八次了...