运行Plot_MultiPop.pl的时候加上-keepR的参数，可以得到绘图的R代码，找到ylim=c(0,0.889945346658339)这种字样，修改0.889945346658339成你想要的上限，然后运行Rscript 前缀.r就可以了。具体如下：
① Plot_MultiPop.pl -inList 你的list -output 前缀 -keepR
② 修改“前缀.r”文件里的ylim，比如ylim=c(0,0.889945346658339)改成ylim=c(0,1)
③ 运行： Rscript 前缀.r