检查一下gff文件的格式是否标准，是不是9列。截图是格式有问题
10 对gff文件进行处理，保留注释信息中能编码蛋白的基因。得到的结果文件‘.protein_coding.gff3’是空的，应该怎么办。所有品系都出现了这个问题。
3 个回答
上传到服务器中共22个品系，
（一）21个品系是gff压缩文件‘WNZ.gff.gz’，是从茶树泛基因组发表的文章链接中下载，其中WNZ的gff文件格式见下图
（二）另一个品系是压缩文件‘SCZ.gff3.gz’，是从茶树基因组网站下载，格式见下图
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS
你要核对的是 ： GFF文件格式没问题，以及核对第一列染色体ID和基因组文件染色体ID是否一致；
如果核对没有问题，你把当前文件夹文件清空之后再重新运行命令，AGAT检测到有输出文件存在会退出；
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