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gwas根据阈值筛选关联的SNP，并生成bed文件，排序时无法生成标准的bed文件

  • per 2024-08-22 15:07
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docker search omicsclass中没有pop-evol-gwas:latest了

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putty 跑一半显示磁盘不够用

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向管理员要了metagenomics：v1.0的本地镜像，但是输入 docker load -i metagenomics-v1.0.tar.gz后一直报错 open /var/lib/docker/tmp/docker-import-2588968250/metagenomics/json: no such file or directory

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老师您好

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提取可靠基因家族成员的结构域序列

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蛋白质全长多序列比对

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老师 请问以下就是circos图中，染色体怎么设置才能使按照1到13这种顺序排列，还有就是圈图中，染色体间的共线性线条怎么才能换成几种颜色，并不是单一的颜色。图1那种结果，而不是图2的那种结果。

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我的差异基因是mstrg 开头的，然后做分析的时候这些基因转换不上去

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老师您好，请问使用fastp后没有得到每个样本对应的html文件，只生成了一个是怎么回事？

  • BJFU 2024-07-15 16:46
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5 老师您好，我使用P-value进行转录组差异基因筛选，被审稿人质疑了，我看到您之前回复2020年的帖子说校正后p值筛选差异基因较少时用P-value也行，这种情况得后期用qpcr验证我数据是准确的是吗，我之前做了qpcr验证，但是用的不是我关注的差异基因，现在也不能补关注基因的定量了。我准备找几篇使用未校正p值的文章加上我之前做的qpcr来解释我的分析是可行的，您觉得这样可以吗？

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hmmer搜索结构域

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参考基因组这个docker怎么练到filezilla，为什么我没法安装openssh或者filezilla，我应该怎么做

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老师您好，我想问一下这2个挂载图哪个是对的呢，为什么会出现这个情况呢

1 解决

使用重测序的var_density.R脚本没有按照染色体正确排序，这个怎么解决？

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基因家族鉴定

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变异结果统计与绘图时，最后一步出现Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 17 did not have 34 elements的问题，查看文件发现并没有缺失的部分，怎么解决

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提取CDS和蛋白序列出错

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老师，这一步有啥问题呀？麻烦老师帮忙看看,第二张图是我重新删掉文件然后重来一遍的，还是在提取ID这一步出错了，中间也检查了cds文件和pep文件，文件内容是没问题的，除了生成的txt文档是空白的，其他都没啥问题，然后就卡在id替换那一步，麻烦老师帮忙看看

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染色体挂载问题