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使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

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泛基因家族分析-SV和表达量

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组内共线性分析，为什么不能出图呢？

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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老师，在做蛋白预测的时候总是显示desired structure doesnot exist.

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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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老师您好，我在做物种间多线性分析时出现如下错误，希望您可以帮忙给看看，感谢！

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dadi

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LD分析

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da

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泛基因家族分析-互作图

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运行完Cellranger之后，没看见pbmc-stim里面有out文件夹，然后我再次运行的时候，报错了

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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样

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PGGB泛基因组报错

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老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些中间文件，查看了磁盘空间，请问应该删除哪一个并且如何删除呢

  • Nier 2025-10-11 10:37
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老师您好，我做MCScanX 进行blast建库时总是报错，文件前加上绝对路径也还是报错显示文件不存在