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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。

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dadi

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成纤维细胞分好的亚组添加到总的组中

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Fst,pi, and ROD 分析

1 解决

蛋白3D结构预测

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老师，我做gwas分析过程中出现这种问题，该如何解决呢？

  • Max 2025-07-09 17:50
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老师，这是我做出来的PAV热图，每个基因都是物种独有的，这个PAV热图效果是不是不好，这个PHY家族是否合适继续研究，没办法做聚类分析这些了

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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关于保守结构域选择几个的问题

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da

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老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

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可能是路径出了问题，无法找到脚本，请问老师

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STRING数据库映射出来的拟南芥基因号不是AT开头的

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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老师您可以分享一下buildRepeatSummary.pl脚本嘛

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:39
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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些中间文件，查看了磁盘空间，请问应该删除哪一个并且如何删除呢

  • Nier 2025-10-11 10:37
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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样