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基因结构注释效果不理想

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重测序分析

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单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

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20 文献分析，只有BigWig文件能否完整做出下面的图像

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这是我的文件名泛基因家族提取cds和pep的脚本应该怎么改呢

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你好，我也遇到了一样的问题：docker里omicsclass的镜像都搜索不到了，然后下载omicsclass/gene-family:v1.0.1也报错，联系客服也没有回应，可以请教一下你是怎么解决的吗

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xpclr绘图

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转录组mfuzz分析问题

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泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

2 解决

10 参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级染色体，各染色体大小分布非常不均匀

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老师，为什么cds和pep提取不出来？提取出来是0

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dadi

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xpclr绘图

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泛基因组 eggNOG得不到结果-2

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构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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想咨询一下，我有1批宏基因组数据，可不可以样本对半，分成2次进行

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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如何修复（就是修改可视化Manhattan图的纵坐标）

  • John 2025-03-12 15:35
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老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

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运行MCScanX-transposed计算kaks是出现以下情况