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遗传图谱分析课程

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利用GATK 分染色体call 变异时出现错误

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加载镜像出问题

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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致？手动修改吗；以下是两个基因组的gff和fa

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共线性分析java绘图这里报错怎么回事

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根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

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老师，为什么我得到的Fam_gene.list中大多都是独有的，特别是参考基因组，全部都没有同源基因，那么我接下来结构变异与基因结果和保守结构域分析时，无法比对，该怎么往下做呢?

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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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请问老师。镜像启动是哪里出错了

  • 2025-03-11 21:25
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想咨询一下各位老师，宏基因组注释的时候，我有总共160G的土壤宏基因组数据(21个样本)

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IBD 计算2

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为啥这个. doc.sh后，显示不是内部或外部命令，也不是可运行的程序

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tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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docker连接不上

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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后台运行

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fastsimcoal

  • lint 2025-03-21 10:37
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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？