运行 filterBAM_forHiC.pl hicxbly_aligned.REduced.paired_only.bam xblysample.clean.sam,生成的文件为零,是什么原因

基于HIC和hifi数据,hifiasm 组装了基因组,然后bwa sampe xblygenome.final.fa sample_R1.sai sample_R2.sai XBLYyehic_R1.clean.fastq.gz XBLYyehic_R2.clean.fastq.gz > sample.bwa_aln.sam正常,得到78G文件,export PATH=$PATH:/share/biosoft/bedtools/ALLHIC/scripts/, PreprocessSAMs.pl   hicxbly_aligned.bam xblygenome.final.fa MBOI正常, 运行 filterBAM_forHiC.pl hicxbly_aligned.REduced.paired_only.bam xblysample.clean.sam,生成的文件为零,是什么原因 用$samtools view -c hicxbly_aligned.REduced.paired_only.bam 查看,有1465429722reaads

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1 个回答

Ti Amo

有报错信息吗?hicxbly_aligned.REduced.paired_only.bam没问题的话可能xblysample.clean.sam的头文件不完整,并且要求BAM 和 SAM 的染色体/contig 名称必须完全一致,可以从这两个角度检查一下

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  • 樊香绒 提出于 1小时前

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