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用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

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泛基因家族分析

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新建物种特异hmm模型，再次搜索，产生的文件round2_hmmerOut.txt中的一个基因序列（下图所示），通过了三大数据库确认。但是序列很短，这个序列不要？

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蛋白3D结构预测

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Error, no sequence for chr1 at xxxxxxxxxxxxxxx/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

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老师你好。提取cds与pep序列报错显示 no sequence

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根据组装后基因做的物种注释，还需要做稀疏曲线吗

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16S课程 03.asv_taxonomy

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Error, no sequence for chr1 at /wcr/TransDecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

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windows安装Aspera Connect软件

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提取cds 用基因的ID，作为序列的ID，漏掉了一个序列，咋整？

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蛋白3D结构预测

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客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的final.last.gene.pair.txt文件，但是两者之间有差异，像是缺了几列是怎么回事，如下面详述，请解答

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The CDS sequences do not match the gene sequences.

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共线性分析出现如下报错，但是还是有结果。而且也能出图。这是怎么回事呢

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蛋白3D结构预测

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老师，您好！请问做全基因组选择（GS选择）之前，训练集和预测集的划分，有没有代码可以按照特定比例，随机快速实现材料的划分，并生成文件？（比如20%个体作为训练集，80%个体作为预测集；40%个体作为训练集，60%个体作为预测集；60%个体作为训练集，40%个体作为预测集；80%个体作为训练集，20%个体作为预测集，等等）

  • 2025-08-08 16:14
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run_pipeline.pl -Xmx5G -importGuess clean.sorted.vcf.gz \ -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这条代码跑不出来，报错原因如图所示，

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老师我的基因组都是Scaffold，没有染色体级别的基因组，这种适合做泛基因家族鉴定么。我是在BnPIR(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/rape/download_ext)下载的

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进化树制作，背景我设定的只是一段，为什么提交之后全部基因都有背景。