多少个基因组分析,基因组大小多大?
基因组多,基因组大很消耗服务器内存,你这个应该是内存不够导致任务中断,需要增加服务器物理内存;
进行泛基因组构建的时候,命令为cactus-pangenome ./jobstore genome.txt --outDir pangenome --workDir `pwd`/tmp \
--outName pangenome --chop --haplo --permissiveContigFilter --gbz full clip filter \
--gfa full clip filter \
--vcf full clip filter \
--giraffe full clip filter \
--chrom-vg full clip filter \
--viz full clip \
--odgi full clip filter \
--chrom-og full clip filter \
--binariesMode local \
--filter 2 \
--mgCores 16 --mapCores 8 --consCores 16 --indexCores 16 \
--refContigs chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 chr26 chr27 chr28 chr29 --reference 10_Inn \
--logFile cactus-pangenome.log #--restart
出现的报错为,这个已经运行了一段时间,一些文件也出现了结果,但是最后出现了错误,是怎么回事?