泛基因组

进行泛基因组构建的时候,命令为cactus-pangenome ./jobstore genome.txt --outDir pangenome  --workDir `pwd`/tmp \

  --outName pangenome --chop --haplo --permissiveContigFilter --gbz full clip  filter \

  --gfa full clip  filter \

  --vcf full clip  filter \

  --giraffe  full clip  filter \

  --chrom-vg  full clip  filter \

  --viz full clip   \

  --odgi full clip  filter \

  --chrom-og full clip  filter  \

  --binariesMode local  \

  --filter 2 \

  --mgCores 16 --mapCores  8   --consCores 16  --indexCores 16 \

  --refContigs chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chr23 chr24 chr25 chr26 chr27 chr28 chr29 --reference 10_Inn \

  --logFile cactus-pangenome.log   #--restart

出现的报错为,这个已经运行了一段时间,一些文件也出现了结果,但是最后出现了错误,是怎么回事?attachments-2026-10-vdpr8BMf6acecfcd2a56c.PNG

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

多少个基因组分析,基因组大小多大?

基因组多,基因组大很消耗服务器内存,你这个应该是内存不够导致任务中断,需要增加服务器物理内存;

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