目前 indel不能用于转换supergene.phy 做进化树分析，只能用SNP才行；
下游的分析软件也是用SNP分析的，用indel都会报错；
群体遗传进化树分析文件格式转换出现问题
老师您好，我在用自己的数据进行群体遗传进化树分析文件格式转换出现问题，报错信息如图1所示，我自己的数据是经过VCftool等过滤后的只包含InDel变异位点信息的VCF文件，文件格式如图2所示，Deepseep告诉我说是没有严格排序并且包含大量Scaffold,按照他的建议我对VCF文件进行了进化，虽然没有出现报错，但是supergene.phy文件出现大量0的信息，最后导致fasttree生成的距离矩阵出现问题，进化树上分支长度一致，而用iqtree 构建进化树直接报错，现在deepseek告诉我不要使用TASSEL处理InDel文件了，可能存在问题，让我直接用Plink生成遗传矩阵，然后用R构建NJ树。老师您看是什么原因导致，如何去解决，我现在做的是基于Indel的遗传进化分析，不适用SNP，老师我该如何解决
