进行snp位点提取最后一步过滤时， 500 万位点直接过滤到 0，这是为什么？放宽了过滤条件（如所上传图片中的代码及改变参数后的代码），，最后还是0！ - 组学大讲堂问答社区

进行snp位点提取最后一步过滤时， 500 万位点直接过滤到 0，这是为什么？放宽了过滤条件（如所上传图片中的代码及改变参数后的代码），，最后还是0！

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分类：重测序

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 5小时前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个参数过滤比较严格，你可以删除了重新过滤试试：--minGO 80

你的平均测序深度如果很低，要降低 --minDP ，还有降低 --max-missing

慕夏 4小时前

调整参数还是0，参数调整如所上传图片所示

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慕夏提出于 19小时前