泛基因组

for sample in ERR12165622 ERR12165623 SRR8437784 SRR8224150;do

vg giraffe -m pangenome.min

-d pangenome.dist

-Z pangenome.gbz

-f \(datadir/fastq/\)sample_1.fastq.gz

-f \(datadir/fastq/\)sample_2.fastq.gz

-N \(sample -t 32 >\)sample.gam

用这个命令比对的时候,怎么一直在增加内存,都增加到167g, 还在增加,如下图:

有什么方法可以减少内存的使用? 另外,我的样本有200个,能不能并行运行?

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2 个回答

随风

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

减少并行线程数试试, -t 8,这样会跑的慢。

还是不够就只能增加物理内存了;

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  • 随风 提出于 2小时前

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