在进行聚类分析时,如何将自己的tsv文件生成qs文件

运行代码Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds Meristematic.qs  \ --sctransform \ --integrate.method seuratIntegration --batch.id stim \ --resolution 0.5 -d 30 \ -p Meristematic.seuratIntegration.sctransform -o Meristematic.seuratIntegration.

出现Error in UseMethod(generic = "Assays", object = object) : no applicable method for 'Assays' applied to an object of class "data.frame" Calls: cat -> Assays报错。

Meristematic.qs文件是我用自己的tsv文件生成的,格式如图,如何生成seurat识别的qs文件格式。

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

qs文件应该是 seurat 对象,不能由你提供的表格文件生成;

qs文件包括每个细胞的基因表达数据,及细胞信息(你的tsv文件)


不知道你的qs文件如何生成的,你把命令发我看一下;关于报错

批次分组名称需要和你qs对应的metadata文件里面的列名一致,我看你tsv文件里面没有stim列名分组:attachments-2026-06-UlKfh8dn6a27ec86ca56f.png

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HHHHHH

TSV文件里没有stim分组,有DZ_1、DZ_2、SZ_1、SZ_2,这个没注意到,tsv转qs我是在Miniforge Prompt里用R语言转换的

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