qs文件应该是 seurat 对象,不能由你提供的表格文件生成;
qs文件包括每个细胞的基因表达数据,及细胞信息(你的tsv文件)
不知道你的qs文件如何生成的,你把命令发我看一下;关于报错
批次分组名称需要和你qs对应的metadata文件里面的列名一致,我看你tsv文件里面没有stim列名分组:
运行代码Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds Meristematic.qs \ --sctransform \ --integrate.method seuratIntegration --batch.id stim \ --resolution 0.5 -d 30 \ -p Meristematic.seuratIntegration.sctransform -o Meristematic.seuratIntegration.
出现Error in UseMethod(generic = "Assays", object = object) : no applicable method for 'Assays' applied to an object of class "data.frame" Calls: cat -> Assays报错。
Meristematic.qs文件是我用自己的tsv文件生成的,格式如图,如何生成seurat识别的qs文件格式。
