华大DNB C4 单细胞转录组也有类似 cellranger的工具: dnbc4tools ,用法差不多,结果文件也类似的,新版课程里面也有介绍:
下面的dnbc4tools运行命令:
dnbc4tools rna run \
--name 1D1 \
--cDNAfastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_1.fq.gz \
--cDNAfastq2 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_2.fq.gz \
--oligofastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400026128BL_L01_71_1.fq.gz \
--oligofastq2 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400026128BL_L01_71_2.fq.gz \
--genomeDir ~/BGI-sc/ref/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana \
--threads 20
dnbc4tools 得到的结果文件也要 表达矩阵三个文件,直接解下游的 seurat_sc_qc.r:
单细胞转录组课程链接:https://bdtcd.xetlk.com/s/1OXw9i
