新上新的单细胞转录组课程可以用于华大测序平台分析

新上新的单细胞转录组课程中的质控分析课程中的封装好的R脚本可以用于华大测序平台的质控吗?可以的话能否展示一下如何使用,具体的调整哪些参数?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

华大DNB C4 单细胞转录组也有类似 cellranger的工具: dnbc4tools ,用法差不多,结果文件也类似的,新版课程里面也有介绍:

下面的dnbc4tools运行命令:

dnbc4tools rna run \
--name 1D1 \
    --cDNAfastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_1.fq.gz \
    --cDNAfastq2 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400025960BR_L01_97_2.fq.gz \
    --oligofastq1 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400026128BL_L01_71_1.fq.gz \
    --oligofastq2 ~/BGI-sc/data/ara/DP8400026128BL_L01_71_2.fq.gz \
--genomeDir ~/BGI-sc/ref/arabidopsis_thaliana/Arabidopsis_thaliana \
--threads 20

dnbc4tools 得到的结果文件也要 表达矩阵三个文件,直接解下游的 seurat_sc_qc.r:attachments-2026-06-iXwJ5baE6a2dfcdcc530d.png



单细胞转录组课程链接:https://bdtcd.xetlk.com/s/1OXw9i

png


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