选择非冗余基因模板的自比对，pangene与pangene两个文件进行共线性分析，时间太长、任务停止了应该怎么办？

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Load file `pangene.pangene.last.P98L0.inverse` 我看到日志文件里卡到了这一步，应该怎么办？请问老师，杀死进程重新运行：先删除中间文件，再修改参数，对吗？应该怎么修改参数？谢谢

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2 个回答

rzx 10小时前

可以，确认进程完全停止后，删除所有中间文件，再加入参数--cpus 1 --batch 1000，去运行。随时通过“ps -xf”监控后台进程

liping 10小时前

DEEPSEEK说根据错误信息，jcvi.compara.catalog ortholog 命令不支持 --batch 参数。请问老师，除了去掉这个参数，还有别的方法吗