ROGUE 判断分群纯度

Rscript $scripts/cell_purity_ROGUE.r --rds benihoppe_flower_sct.qs \

--samples SampleID --groupby seurat_clusters \

-p ROGUE_sct

Error in predLoess(object$y, object$x, newx = if (is.null(newdata)) object$x else if (is.data.frame(newdata)) as.matrix(model.frame(delete.response(terms(object)), : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5) Calls: rogue ... <Anonymous> -> predict -> predict.loess -> predLoess In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) Execution halted,

运行这个脚本时遇到这个问题，如何解决

4 条评论
分类：R

默认排序时间排序

2 个回答

omicsgene - 生物信息 2026-06-29 10:01

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你检查你 SampleID 列和 seurat_clusters 列是不是有的分组数量太少，

比如你的SampleID 列在第4列：设置 $4

awk -F'\t' 'NR>1 {print $4}' benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c

gz_li 2026-06-29 10:44

[root@2924b6180854 10:34:37 /work/benihoppe_flower/03.seurat_cluster]# awk -F'\t' 'NR>1 {print $7}' benihoppe_flower_sct/benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c

16072 S1.R1.benihoppe

15036 S1.R2.benihoppe

16625 S1.R3.benihoppe

18398 S2.R1.benihoppe

18630 S2.R2.benihoppe

18308 S2.R3.benihoppe

[root@2924b6180854 10:37:35 /work/benihoppe_flower/03.seurat_cluster]# awk -F'\t' 'NR>1 {print $21}' benihoppe_flower_sct/benihoppe_flower_sct.metadata.tsv | sort | uniq -c

13114 0

12877 1

3632 10

3046 11

3017 12

2727 13

2023 14

1819 15

1231 16

1208 17

1182 18

985 19

9482 2

727 20

718 21

575 22

302 23

175 24

136 25

8687 3

8022 4

6909 5

5800 6

5794 7

4442 8

4439 9

seurat_clusters的19，20，21，22，23，24，25这几个分组数量太少，如何调整参数呢？

ROGUE 判断分群纯度

2 个回答

相似问题