hmmer

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基因家族筛选结果只有一个，是需要改改条件吗还是怎么样

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基因家族分析课程出现hummer程序过期情况

  • Mask 2022-02-28 22:59:00
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一个基因家族得到两个结构域的ID，然后把两个ID合并去除相同的ID，得到一个新的ID文件保存为fasta形式，传到pfam数据库中，得到一个文件，怎么筛选得到同时具有这两个保守结构域的ID。

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hmmsearch出现Error: Failed to open sequence file aa.fasta>uu.out for reading，如何解决呢？？

  • kKUI 2021-03-10 19:18:58
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构建完新的hmm文件之后，出现这个报错，是什么原因啊，到咱们论坛上面找过了，但是没有好的解决方法

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如何将hmmer search到的某一基因家族成员序列拼接成一条完整的序列

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请问，在做WRKY基因家族分析提取结构域序列的时候perl script/domain_xulie.pl WRKY_hmm_out.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa WRKY_domain.fa 1.2e-28；有必要提取第二个domain吗

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请问linux系统怎么安装hmmer，为什么安装一直报错

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老师，您好！我在进行基因家族的分析时，在利用.aln文件获得新的hmm文件后，利用新的hmm进行hmmsearch，得到的新的domain.txt中我的目的基因的E-value的值已经达到2.2，是不是可以说明我的目的基因不属于我现在分析的这个家族？

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老师，我在分析自己的家族搜索结构域时，我的基因组组装的蛋白序列里有“.",导致我运行是总是报错，怎么才能避开这些带“."的序列呢

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hmmer搜索提取结构域时出现错误

  • zhoy 2019-10-31 15:25:32
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基因家族鉴定问题

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Erro基因家族分析报错：TC bit thresholds unavailable on model domain；如何解决

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第一次hmm搜索时可以搜索出序列，但是接下来一步提取结构域序列时出来的文件是空的

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提取不出来结构域序列

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