GATK - 组学大讲堂问答社区

GATK

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GATK 报错

Elf 2024-04-03 13:17:37

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使用GATK的GenomicsDBImport合并gvcf导入db时报错Unexpected compressed block length: 1 for /work/GATK/BN14.g.vcf.gz

薄信 2024-03-14 11:38:27

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gvcf转换成vcf

蒙头学 2024-03-13 11:07:50

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合并g.vcf

Jay 2024-03-12 19:22:08

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合并g,vcf

Jay 2024-03-11 19:42:35

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用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

东篱 2024-02-20 10:57:33

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变异结果过滤，gatk VariantFiltration

yangxiang666 2024-01-22 10:15:09

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GATK

shidandan 2023-12-13 16:46:28

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老师，请教一下，用gatk call g.vcf.gz格式的文件是，运行中断了，请问怎么样才能和之前跑的数据接着跑，而不是从零开始呢

红红火火 2023-10-30 15:14:43

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合并gvcf时程序终止

诈胡 2022-08-16 10:23:40

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合并gvcf的问题

米生花 2022-08-11 23:47:55

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老师你好我在用gatk合并gvcf文件的时候系统提示有一个样本的gvcf文件某一行数据出现问题这种情况应该怎么解决是需要重新生成这个样本的gvcf文件吗？

St.Sky 2022-02-26 16:33:10

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GATK HaplotypeCaller - Shutting down engine

omicsgene 2021-09-17 09:37:36

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gatk报错：java.lang.IllegalStateException: Read position too high for BAI bin indexing.

omicsgene 2021-09-16 09:59:52

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在SNPcalling结束后进行合并gvcf文件的时候发现文件里只有双亲的信心，核查发现两个子代的gvcf文件的表头中两个池的名字都是感亲的名字这个怎么修改

杨辉 2020-12-07 10:10:48